More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0176 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
229 aa  463  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  96.07 
 
 
229 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  93.91 
 
 
230 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  93.91 
 
 
230 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  93.91 
 
 
230 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  93.91 
 
 
230 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  93.48 
 
 
230 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  93.04 
 
 
230 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  93.04 
 
 
230 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  93.04 
 
 
230 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  93.04 
 
 
230 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  91.74 
 
 
230 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  89.52 
 
 
229 aa  423  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  90.39 
 
 
229 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  88.65 
 
 
229 aa  417  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  88.65 
 
 
229 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  80 
 
 
230 aa  376  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  79.48 
 
 
233 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  79.04 
 
 
233 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  77.73 
 
 
232 aa  368  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  78.51 
 
 
232 aa  367  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  79.04 
 
 
233 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  78.85 
 
 
232 aa  368  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  79.39 
 
 
232 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  78.51 
 
 
232 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  78.51 
 
 
232 aa  367  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  76.29 
 
 
235 aa  366  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  77.39 
 
 
233 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  77.29 
 
 
232 aa  366  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  78.51 
 
 
232 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  75.11 
 
 
231 aa  353  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  70.69 
 
 
233 aa  340  1e-92  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  71.49 
 
 
228 aa  327  7e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  327  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  71.56 
 
 
228 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  71.11 
 
 
228 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  71.11 
 
 
228 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  71.11 
 
 
228 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  69.78 
 
 
224 aa  318  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  72.04 
 
 
227 aa  317  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  71.29 
 
 
226 aa  317  1e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  68.72 
 
 
226 aa  316  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  66.38 
 
 
232 aa  315  3e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  69.09 
 
 
244 aa  314  6e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  66.81 
 
 
244 aa  311  3.9999999999999997e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  68.72 
 
 
228 aa  310  1e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  69.91 
 
 
226 aa  310  2e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  67.91 
 
 
223 aa  308  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  66.21 
 
 
261 aa  308  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  70.33 
 
 
228 aa  308  5e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  68.27 
 
 
275 aa  308  6.999999999999999e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  63.76 
 
 
256 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  68.27 
 
 
271 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  69.34 
 
 
228 aa  305  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  65 
 
 
294 aa  304  9.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  65.61 
 
 
227 aa  303  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3013  30S ribosomal protein S3  62.22 
 
 
264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000335081  decreased coverage  0.002387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2944  30S ribosomal protein S3  62.22 
 
 
264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012288  decreased coverage  0.000000133007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3291  30S ribosomal protein S3  62.22 
 
 
262 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000159884  hitchhiker  0.00000252184 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  65.61 
 
 
227 aa  303  2.0000000000000002e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  63.44 
 
 
247 aa  301  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  61.67 
 
 
236 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  64.09 
 
 
308 aa  301  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  65.87 
 
 
286 aa  300  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  62.9 
 
 
265 aa  300  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 
236 aa  300  9e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  64.11 
 
 
236 aa  300  9e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
237 aa  300  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  66.35 
 
 
293 aa  300  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
236 aa  300  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
236 aa  300  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  65.07 
 
 
236 aa  300  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  61.84 
 
 
268 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  61.4 
 
 
268 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  63.18 
 
 
264 aa  299  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  64.29 
 
 
223 aa  298  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  61.84 
 
 
264 aa  299  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  63.88 
 
 
242 aa  298  3e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
240 aa  299  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>