More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0133 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0133  hypothetical protein  100 
 
 		 520 aa  1070    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.800968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  63.82 
 
 		 391 aa  320  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4180  hypothetical protein  74.19 
 
 		 316 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4405  hypothetical protein  73.39 
 
 		 298 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4266  hypothetical protein  73.39 
 
 		 298 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4368  hypothetical protein  49.25 
 
 		 182 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2952  hypothetical protein  41.18 
 
 		 311 aa  95.9  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000115352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3077  hypothetical protein  38.73 
 
 		 299 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  39.52 
 
 		 2428 aa  85.1  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  42.97 
 
 		 474 aa  84.7  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  42.37 
 
 		 1352 aa  84.3  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  43.31 
 
 		 482 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  39.67 
 
 		 2075 aa  83.2  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  35.82 
 
 		 2374 aa  82.4  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  39.74 
 
 		 628 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  35.5 
 
 		 1338 aa  79.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  34.78 
 
 		 869 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  39.85 
 
 		 1517 aa  79  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  40 
 
 		 1854 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  37.21 
 
 		 1568 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  32.78 
 
 		 2494 aa  78.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  36.94 
 
 		 1976 aa  78.6  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  43.52 
 
 		 554 aa  78.2  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  43.81 
 
 		 2096 aa  77  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  40.18 
 
 		 1840 aa  76.6  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  32.14 
 
 		 2283 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  32.3 
 
 		 2658 aa  75.1  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  32.93 
 
 		 2401 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1600 aa  73.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 927 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  34.31 
 
 		 2165 aa  73.2  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  36.51 
 
 		 2413 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  36.51 
 
 		 722 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  32.97 
 
 		 2350 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  36.07 
 
 		 2416 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  34.68 
 
 		 2149 aa  72  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  39.22 
 
 		 1942 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  39.09 
 
 		 690 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  36.7 
 
 		 2349 aa  70.1  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  33.9 
 
 		 2225 aa  70.1  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  34.21 
 
 		 1381 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2325  YD repeat-containing protein  43.66 
 
 		 6109 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0257646 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  35.65 
 
 		 3273 aa  69.3  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  41.44 
 
 		 2094 aa  69.3  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  33.65 
 
 		 1732 aa  68.2  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  35.54 
 
 		 3333 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  39.25 
 
 		 678 aa  67.8  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  32.03 
 
 		 2035 aa  67.4  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  35.77 
 
 		 924 aa  67.4  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0445  hypothetical protein  37.84 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  35.65 
 
 		 1362 aa  67  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  41.12 
 
 		 1271 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  42.39 
 
 		 2017 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 3193 aa  66.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  36.28 
 
 		 1434 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2324  YD repeat-containing protein  43.66 
 
 		 765 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.2713  decreased coverage  0.00718158 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  35.71 
 
 		 2059 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  34.38 
 
 		 1834 aa  65.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1278  cell wall-associated protein  33.33 
 
 		 258 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.406535  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  32.69 
 
 		 396 aa  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  37.96 
 
 		 2554 aa  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  36.04 
 
 		 2221 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  36.11 
 
 		 765 aa  65.1  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1132  wall-associated protein  34.38 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0407345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1138  wall-associated protein  38.27 
 
 		 106 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.659676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  35.65 
 
 		 451 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.83 
 
 		 1560 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1255  wall-associated protein  34.15 
 
 		 504 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  39.42 
 
 		 2831 aa  64.3  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 2294 aa  64.3  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  37.86 
 
 		 1917 aa  64.3  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  34.59 
 
 		 1628 aa  64.3  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0160  TccC4  36.04 
 
 		 952 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.189077  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  36.89 
 
 		 2652 aa  64.3  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  42.39 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1414  hypothetical protein  38.74 
 
 		 2534 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.733329 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1181  wall-associated protein  34.29 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  35.14 
 
 		 2178 aa  63.9  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  33.03 
 
 		 1528 aa  63.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  38.32 
 
 		 2387 aa  63.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  35.51 
 
 		 1411 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1206  cell wall-associated protein, putative  34.45 
 
 		 400 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00333262  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4995  RHS protein  35.45 
 
 		 171 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4454  insecticidal toxin protein, putative  37.04 
 
 		 928 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.543889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  35.14 
 
 		 765 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  37.38 
 
 		 2510 aa  63.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  26.87 
 
 		 1763 aa  62.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1135  wall-associated protein  33.85 
 
 		 260 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.656303  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  35.14 
 
 		 2224 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  35.19 
 
 		 2443 aa  62.4  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  35.14 
 
 		 2224 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  35.14 
 
 		 2224 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  39.25 
 
 		 2035 aa  62  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  33.64 
 
 		 561 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1560  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1126 aa  61.6  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  37.5 
 
 		 1464 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0998  YD repeat-containing protein  35.65 
 
 		 2558 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1280  YD repeat-containing protein  41.98 
 
 		 2615 aa  61.6  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0638094 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  31.54 
 
 		 2246 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  35.78 
 
 		 1573 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>