More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0123 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  85.5 
 
 
407 aa  704    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  80.1 
 
 
407 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  84.52 
 
 
407 aa  668    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  83.29 
 
 
407 aa  685    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  79.85 
 
 
407 aa  665    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  85.5 
 
 
407 aa  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  85.5 
 
 
407 aa  704    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  82.56 
 
 
406 aa  683    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  100 
 
 
407 aa  814    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  82.31 
 
 
407 aa  680    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  84.52 
 
 
407 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  84.52 
 
 
407 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  88.29 
 
 
410 aa  723    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  85.5 
 
 
407 aa  704    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  85.47 
 
 
407 aa  704    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  85.01 
 
 
407 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  61.33 
 
 
406 aa  523  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  60.44 
 
 
406 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  59.32 
 
 
413 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  60.49 
 
 
405 aa  498  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  58.48 
 
 
406 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  59.95 
 
 
408 aa  492  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  59.15 
 
 
396 aa  475  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  57.74 
 
 
405 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  58.54 
 
 
408 aa  462  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  56.05 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  56.3 
 
 
407 aa  441  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  55.77 
 
 
407 aa  440  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  56.86 
 
 
408 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  56.51 
 
 
407 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  56.51 
 
 
407 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  56.51 
 
 
407 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  56.76 
 
 
408 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  55.39 
 
 
407 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  56.13 
 
 
408 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  52.96 
 
 
404 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  51.1 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  49.75 
 
 
403 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  50.74 
 
 
405 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  50.25 
 
 
405 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  51.22 
 
 
410 aa  385  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  48.88 
 
 
403 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  51.11 
 
 
407 aa  368  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  49.38 
 
 
405 aa  363  3e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  44.91 
 
 
398 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  44.91 
 
 
398 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  44.91 
 
 
398 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  44.91 
 
 
398 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  44.91 
 
 
398 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  43.84 
 
 
399 aa  353  4e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  43.6 
 
 
399 aa  352  8e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  43.1 
 
 
405 aa  339  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  43.1 
 
 
405 aa  340  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  46.32 
 
 
405 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  44.94 
 
 
403 aa  335  7.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  42.96 
 
 
405 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  43.95 
 
 
403 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  41.23 
 
 
405 aa  328  8e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  41.38 
 
 
405 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  44.72 
 
 
403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  40.99 
 
 
405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  41.23 
 
 
405 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  41.13 
 
 
405 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 
405 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 
405 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 
405 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 
405 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  40.74 
 
 
405 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  43.55 
 
 
411 aa  322  9.000000000000001e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  42.72 
 
 
405 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  42.65 
 
 
403 aa  308  9e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  41.48 
 
 
405 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  41.23 
 
 
399 aa  307  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  43.46 
 
 
404 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  43.46 
 
 
404 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  44.36 
 
 
400 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  40.54 
 
 
408 aa  294  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3267  general secretion pathway protein F  37.65 
 
 
400 aa  289  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000471586  hitchhiker  0.0000000000000079941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0955  general secretion pathway protein F  37.41 
 
 
400 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110988  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  37.68 
 
 
404 aa  286  5e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1006  type II secretion system protein  37.16 
 
 
400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  40.73 
 
 
412 aa  282  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  39.27 
 
 
412 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  39.26 
 
 
405 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  41.19 
 
 
400 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  37.71 
 
 
409 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3138  general secretory pathway protein F  40.2 
 
 
404 aa  279  5e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000899303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  38.78 
 
 
411 aa  277  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1331  general secretion pathway protein F  39.23 
 
 
410 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466659  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  38.29 
 
 
411 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  38.52 
 
 
403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  41.13 
 
 
401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2531  general secretion pathway protein F  42.05 
 
 
410 aa  272  9e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356657  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  40.94 
 
 
400 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>