More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0072 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  72.84 
 
 		 568 aa  888    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  73.62 
 
 		 601 aa  937    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  69.85 
 
 		 598 aa  891    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  73.91 
 
 		 598 aa  939    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  73.46 
 
 		 601 aa  936    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  70.97 
 
 		 598 aa  890    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  73.46 
 
 		 601 aa  934    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 597 aa  1244    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  72.99 
 
 		 597 aa  931    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  73.15 
 
 		 597 aa  931    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  68.34 
 
 		 597 aa  860    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  72.99 
 
 		 597 aa  930    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  69.18 
 
 		 598 aa  863    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  65.66 
 
 		 597 aa  813    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  69.85 
 
 		 598 aa  883    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  73.62 
 
 		 601 aa  937    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  49.16 
 
 		 602 aa  578  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  46.27 
 
 		 611 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  47.32 
 
 		 602 aa  569  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.24 
 
 		 601 aa  569  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  48.58 
 
 		 601 aa  567  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  48.58 
 
 		 601 aa  567  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.98 
 
 		 602 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  48.55 
 
 		 588 aa  553  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  46.49 
 
 		 599 aa  553  1e-156  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  46.9 
 
 		 601 aa  543  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 		 601 aa  541  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  48.07 
 
 		 601 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  45.59 
 
 		 601 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  40.2 
 
 		 633 aa  472  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.63 
 
 		 607 aa  384  1e-105  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 603 aa  383  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  37.67 
 
 		 587 aa  375  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  37.44 
 
 		 633 aa  372  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 607 aa  363  7.0000000000000005e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 597 aa  362  9e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 603 aa  360  4e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 592 aa  357  2.9999999999999997e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 594 aa  357  3.9999999999999996e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 609 aa  353  4e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.62 
 
 		 610 aa  353  4e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.51 
 
 		 610 aa  352  8e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 610 aa  352  8.999999999999999e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 649 aa  349  9e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 603 aa  347  3e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  35.2 
 
 		 592 aa  346  6e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 610 aa  342  9e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 612 aa  342  1e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 592 aa  339  7e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 596 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 590 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 612 aa  336  5.999999999999999e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 598 aa  334  2e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 605 aa  333  6e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 604 aa  331  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 		 610 aa  331  3e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 604 aa  330  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 610 aa  329  7e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 604 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 607 aa  326  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 622 aa  325  1e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 605 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 602 aa  323  5e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 630 aa  322  8e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 590 aa  321  1.9999999999999998e-86  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 606 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 620 aa  321  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 637 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 		 603 aa  320  6e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.27 
 
 		 606 aa  318  1e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 663 aa  318  2e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 606 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 606 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 606 aa  313  3.9999999999999997e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 604 aa  311  2e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 592 aa  311  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 601 aa  311  2e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 607 aa  310  4e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.47 
 
 		 599 aa  310  5.9999999999999995e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 596 aa  307  3e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.22 
 
 		 599 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 602 aa  306  6e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 608 aa  305  2.0000000000000002e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 597 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 617 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 615 aa  304  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  32.87 
 
 		 598 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 606 aa  303  5.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 602 aa  302  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 623 aa  302  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 599 aa  301  2e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  31.74 
 
 		 626 aa  301  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 595 aa  301  2e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 602 aa  301  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.22 
 
 		 602 aa  300  6e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2212  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 685 aa  299  8e-80  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.169636 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.42 
 
 		 602 aa  299  9e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 599 aa  298  1e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 596 aa  299  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.35 
 
 		 611 aa  297  3e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>