More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0043 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0043  type III secretion exporter  100 
 
 
352 aa  705    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2393  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.9 
 
 
354 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1129  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.25 
 
 
360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1331  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.16 
 
 
383 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384239  hitchhiker  0.0000000000516194 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2129  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.16 
 
 
383 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000192021 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2069  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.87 
 
 
383 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00553621 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2074  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.87 
 
 
383 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000897295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1208  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.87 
 
 
383 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2261  type III secretion exporter  34.82 
 
 
365 aa  190  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.242916  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3878  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.87 
 
 
378 aa  189  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0011  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.34 
 
 
355 aa  188  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45720  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.06 
 
 
378 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.2 
 
 
351 aa  187  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1307  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.94 
 
 
382 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0569687 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.53 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01851  flagellar biosynthesis protein B  32.65 
 
 
382 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1760  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.65 
 
 
382 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.304563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01840  hypothetical protein  32.65 
 
 
382 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2617  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.65 
 
 
382 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000137265 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0981  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.87 
 
 
390 aa  183  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0800953 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2112  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.65 
 
 
382 aa  184  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1975  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.65 
 
 
382 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1752  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.65 
 
 
382 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1412  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.29 
 
 
363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.342211  normal  0.890154 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0868  flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  33.33 
 
 
369 aa  182  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2604  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.41 
 
 
383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1515  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.91 
 
 
376 aa  180  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.813027  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.36 
 
 
356 aa  180  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.21 
 
 
383 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2447  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.8 
 
 
382 aa  179  9e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0054  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.86 
 
 
390 aa  178  1e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3053  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.26 
 
 
377 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2432  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.24 
 
 
386 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1862  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.95 
 
 
383 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1171  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.77 
 
 
383 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127204 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2334  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.95 
 
 
386 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.178036  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1631  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.16 
 
 
377 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1450  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.34 
 
 
376 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3055  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.34 
 
 
376 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1379  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.92 
 
 
377 aa  175  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1339  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.85 
 
 
377 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0240  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.41 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.760621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2923  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.34 
 
 
376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1245  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.77 
 
 
390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215857  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4406  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.79 
 
 
357 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.202983  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1334  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.05 
 
 
384 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2809  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.3 
 
 
378 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326255  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2154  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.81 
 
 
366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2913  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.74 
 
 
376 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.847075  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1975  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.12 
 
 
378 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.185057  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0669  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.86 
 
 
350 aa  171  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0757109  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3215  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.14 
 
 
376 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1981  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.12 
 
 
378 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.764273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3441  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.82 
 
 
378 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0999  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.21 
 
 
357 aa  169  6e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3431  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.76 
 
 
378 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.82 
 
 
357 aa  169  6e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0484  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.17 
 
 
392 aa  169  8e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0127914  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002828  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.35 
 
 
376 aa  169  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1749  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.11 
 
 
359 aa  169  9e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4135  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.77 
 
 
350 aa  169  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0846766  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0789  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.2 
 
 
374 aa  169  9e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000340873  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1391  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.66 
 
 
360 aa  169  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1295  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.54 
 
 
376 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.388157  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1362  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.54 
 
 
376 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.873498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1195  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.7 
 
 
377 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1355  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.54 
 
 
376 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.424725  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.62 
 
 
354 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1930  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.13 
 
 
363 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.922236  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1374  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.11 
 
 
377 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5492  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.78 
 
 
359 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14397  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03148  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.24 
 
 
376 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4140  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.32 
 
 
382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3596  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.29 
 
 
374 aa  166  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.189893  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2938  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.19 
 
 
380 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0481554  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.45 
 
 
374 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1623  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.99 
 
 
362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1309  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.9 
 
 
392 aa  165  9e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.791915  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0658  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.64 
 
 
353 aa  165  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.622115  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5615  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.03 
 
 
380 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.891713  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2563  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.85 
 
 
376 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.757068  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.15 
 
 
374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000395256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2575  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.77 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.011127 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4178  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.75 
 
 
387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.232408  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  29.51 
 
 
346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4066  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.75 
 
 
387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001177  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.87 
 
 
375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0357  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.43 
 
 
368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0380  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.63 
 
 
362 aa  164  3e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.441846  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2169  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.51 
 
 
376 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1552  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.48 
 
 
379 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00640595  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0713  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.75 
 
 
379 aa  162  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.31011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3094  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.12 
 
 
353 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1137  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.3 
 
 
359 aa  161  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04964  flagellar biosynthesis pathway, component FlhB  30.33 
 
 
375 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1944  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.23 
 
 
381 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3698  flagellar biosynthesis protein FlhB  27.86 
 
 
380 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0239481 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1394  flagellar biosynthetic FlhB transmembrane protein  29.65 
 
 
387 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00896638  normal  0.765457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1519  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.7 
 
 
383 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2159  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.75 
 
 
377 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>