263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0008 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.7 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  64.7 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.49 
 
 		 688 aa  798    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.72 
 
 		 688 aa  1120    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.72 
 
 		 689 aa  1125    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.13 
 
 		 689 aa  916    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  50.43 
 
 		 696 aa  689    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  48.48 
 
 		 691 aa  647    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.27 
 
 		 689 aa  910    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  889    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.13 
 
 		 689 aa  905    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  79.83 
 
 		 689 aa  1152    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.66 
 
 		 694 aa  898    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.84 
 
 		 689 aa  900    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.7 
 
 		 689 aa  900    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.84 
 
 		 689 aa  900    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  78.96 
 
 		 689 aa  1103    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.27 
 
 		 688 aa  907    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  65.56 
 
 		 688 aa  872    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.54 
 
 		 688 aa  885    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.56 
 
 		 689 aa  1173    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.57 
 
 		 689 aa  1141    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.01 
 
 		 689 aa  1129    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  59.71 
 
 		 692 aa  801    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 694 aa  1406    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.72 
 
 		 688 aa  642    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.93 
 
 		 699 aa  674    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.7 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.58 
 
 		 689 aa  1140    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.09 
 
 		 692 aa  842    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.98 
 
 		 688 aa  879    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.43 
 
 		 688 aa  1104    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.43 
 
 		 688 aa  1103    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  88.33 
 
 		 694 aa  1259    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.7 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.13 
 
 		 689 aa  916    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.29 
 
 		 689 aa  1131    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.52 
 
 		 693 aa  872    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.41 
 
 		 689 aa  892    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.13 
 
 		 689 aa  916    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.49 
 
 		 697 aa  647    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.26 
 
 		 689 aa  1124    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.7 
 
 		 689 aa  898    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  64.7 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.57 
 
 		 688 aa  1105    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.7 
 
 		 689 aa  1134    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.78 
 
 		 688 aa  893    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.08 
 
 		 693 aa  643    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.56 
 
 		 689 aa  911    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.99 
 
 		 689 aa  910    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  48.63 
 
 		 690 aa  633  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.84 
 
 		 697 aa  629  1e-179  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.48 
 
 		 697 aa  625  1e-178  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.03 
 
 		 690 aa  622  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.91 
 
 		 684 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.76 
 
 		 684 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.05 
 
 		 684 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  46.59 
 
 		 693 aa  608  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.77 
 
 		 684 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.19 
 
 		 685 aa  608  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.77 
 
 		 685 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.91 
 
 		 684 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.46 
 
 		 684 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.94 
 
 		 692 aa  584  1.0000000000000001e-165  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.89 
 
 		 683 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.18 
 
 		 684 aa  582  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.32 
 
 		 683 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.1 
 
 		 689 aa  569  1e-161  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.1 
 
 		 692 aa  570  1e-161  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.09 
 
 		 693 aa  555  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  42.98 
 
 		 688 aa  532  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  43.35 
 
 		 696 aa  532  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  42.55 
 
 		 688 aa  524  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.77 
 
 		 693 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.7 
 
 		 699 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.2 
 
 		 699 aa  500  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.22 
 
 		 697 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.12 
 
 		 704 aa  499  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.78 
 
 		 712 aa  494  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.83 
 
 		 699 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.21 
 
 		 697 aa  492  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.19 
 
 		 710 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.524717  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.59 
 
 		 695 aa  491  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.53 
 
 		 707 aa  491  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.88 
 
 		 699 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.88 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.93 
 
 		 699 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.77 
 
 		 697 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  39.75 
 
 		 722 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4177  glycine--tRNA ligase  43.18 
 
 		 708 aa  484  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.787875  normal  0.54331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>