212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0008 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0008  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0027  tRNA-Asn  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000619703  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0028  tRNA-Asn  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000184427  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2267  tRNA-Asn  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0500335  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2221  tRNA-Asn  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0763  tRNA-Asn  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.366453  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1414  tRNA-Asn  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.906421  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1454  tRNA-Asn  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0047  tRNA-Asn  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0440889 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0025  tRNA-Asn  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.728693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0043  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000106008  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0042  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000110387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0044  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000117241  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0206  hypothetical protein  97.06 
 
 		 135 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.513289  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1748  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183291  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0024  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143684  normal  0.454789 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0025  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148774  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0084  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0087  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000568391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0500  tRNA-Asn  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00327724  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0742  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00204496  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0014  tRNA-Asn  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566187  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R08  tRNA-Asn  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0045  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000031214  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00251  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00376  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>