More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1821 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  100 
 
 
821 aa  1687    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  43.17 
 
 
856 aa  255  3e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  41.04 
 
 
1065 aa  253  7e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.6 
 
 
802 aa  224  4.9999999999999996e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.69 
 
 
794 aa  205  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.33 
 
 
1075 aa  204  7e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  36.86 
 
 
593 aa  199  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  36.36 
 
 
778 aa  196  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.05 
 
 
674 aa  192  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
915 aa  189  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 
1238 aa  183  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  34.14 
 
 
686 aa  181  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  34.95 
 
 
721 aa  177  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.87 
 
 
775 aa  177  9e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  34.92 
 
 
651 aa  174  5e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.12 
 
 
1004 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
1004 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 
1287 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
732 aa  163  1e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.66 
 
 
1082 aa  162  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
763 aa  162  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.12 
 
 
364 aa  158  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  36.11 
 
 
620 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  49.1 
 
 
493 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  37.38 
 
 
281 aa  147  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  43.48 
 
 
346 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  41.27 
 
 
426 aa  146  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.39 
 
 
1038 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
612 aa  143  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  31.45 
 
 
893 aa  143  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  38.14 
 
 
295 aa  143  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
321 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  47.9 
 
 
493 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
559 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  47.9 
 
 
493 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  29.18 
 
 
582 aa  140  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 
322 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
294 aa  138  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000528528  normal  0.017184 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
343 aa  139  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  27.89 
 
 
1028 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.57 
 
 
559 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  44.31 
 
 
495 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
361 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.6 
 
 
797 aa  138  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
531 aa  138  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  29.24 
 
 
582 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 
317 aa  137  6.0000000000000005e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
1004 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
464 aa  137  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
508 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  28.95 
 
 
582 aa  136  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  39.46 
 
 
332 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
680 aa  136  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  28.95 
 
 
582 aa  136  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  28.95 
 
 
582 aa  136  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
564 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.05 
 
 
583 aa  136  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
611 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  30.74 
 
 
630 aa  135  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 
328 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
308 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
308 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
397 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 
827 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 
820 aa  134  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
328 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.5 
 
 
477 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.79 
 
 
345 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  28.89 
 
 
600 aa  134  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.94 
 
 
422 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  43.64 
 
 
587 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
301 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.98 
 
 
710 aa  133  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.11 
 
 
335 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 
730 aa  132  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.87 
 
 
1050 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 
342 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.58 
 
 
769 aa  131  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
312 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  34.1 
 
 
634 aa  131  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 
519 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
622 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  37.09 
 
 
574 aa  131  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 
307 aa  131  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
385 aa  131  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
497 aa  131  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 
323 aa  131  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.94 
 
 
1000 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.9 
 
 
457 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  42.94 
 
 
476 aa  130  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  36.44 
 
 
388 aa  130  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
751 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  43.83 
 
 
387 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.4 
 
 
625 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  30.66 
 
 
585 aa  130  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.37 
 
 
594 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.93 
 
 
901 aa  129  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>