More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0925 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
246 aa  502  1e-141  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  54.73 
 
 
247 aa  248  9e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  38.68 
 
 
234 aa  163  3e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.82 
 
 
292 aa  155  6e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.32 
 
 
240 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  32.52 
 
 
222 aa  99  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.92 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  29.63 
 
 
223 aa  85.9  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  32.2 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
731 aa  78.6  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
769 aa  75.1  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  26.36 
 
 
220 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  25.4 
 
 
232 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  25.21 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  28.28 
 
 
220 aa  73.2  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.28 
 
 
220 aa  73.2  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  25.21 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  25.21 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  25.21 
 
 
232 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  25.83 
 
 
220 aa  72  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  25.94 
 
 
220 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.94 
 
 
220 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  25.83 
 
 
220 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 
237 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  25.94 
 
 
220 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  25.94 
 
 
220 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  25.52 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  25.52 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  25.94 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
706 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
722 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
659 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
695 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  23.72 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
719 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
721 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.82 
 
 
695 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
909 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  31.21 
 
 
616 aa  62.8  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.23 
 
 
225 aa  62.8  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
238 aa  62.4  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
695 aa  62  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.73 
 
 
565 aa  62  0.000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  32.35 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.88 
 
 
485 aa  60.1  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
944 aa  59.3  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.32 
 
 
729 aa  58.9  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.6 
 
 
956 aa  58.9  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.11 
 
 
1440 aa  58.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  33.1 
 
 
245 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30.99 
 
 
236 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  32.39 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  28.19 
 
 
707 aa  56.6  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  27.75 
 
 
719 aa  56.6  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  28.85 
 
 
217 aa  55.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
929 aa  54.7  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 
1421 aa  55.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.03 
 
 
226 aa  55.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  32.87 
 
 
247 aa  54.7  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  26.32 
 
 
921 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
530 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
228 aa  54.3  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  33.83 
 
 
241 aa  53.9  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  27.74 
 
 
1402 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
934 aa  53.9  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.97 
 
 
929 aa  53.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 
180 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.29 
 
 
231 aa  53.1  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.08 
 
 
234 aa  53.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  27.93 
 
 
180 aa  53.1  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 
595 aa  52.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  30.49 
 
 
379 aa  52.4  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
196 aa  52.4  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.61 
 
 
242 aa  52.4  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
240 aa  52.4  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.88 
 
 
236 aa  52.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 
530 aa  52.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.97 
 
 
230 aa  52.4  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0352  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.01 
 
 
426 aa  52  0.000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  30.88 
 
 
242 aa  52  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.45 
 
 
276 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  28.76 
 
 
1433 aa  52  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  29.49 
 
 
1468 aa  52  0.000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
243 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  35.51 
 
 
243 aa  51.6  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  25.88 
 
 
287 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.12 
 
 
456 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.07 
 
 
476 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  26.96 
 
 
242 aa  52  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.68 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
231 aa  50.8  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 
169 aa  50.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.76 
 
 
934 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  27.32 
 
 
315 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  32.61 
 
 
240 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  26.56 
 
 
1437 aa  51.2  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  29.68 
 
 
1464 aa  50.8  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.76 
 
 
934 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>