121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0908 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0908  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
292 aa  606  9.999999999999999e-173  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  40.83 
 
 
247 aa  171  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.98 
 
 
246 aa  156  4e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  32.03 
 
 
234 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 
240 aa  81.3  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0776  exodeoxyribonuclease X  29.71 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000394057  hitchhiker  0.00105392 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.7 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  31.05 
 
 
232 aa  71.6  0.00000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1938  exodeoxyribonuclease X  27.8 
 
 
222 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.652538  hitchhiker  0.0098923 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6608  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.44 
 
 
262 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0307436 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1767  exodeoxyribonuclease X, putative  27.52 
 
 
220 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1442  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.52 
 
 
220 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0697655  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1066  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.06 
 
 
237 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.327766  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  24.07 
 
 
250 aa  57.4  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.84 
 
 
722 aa  53.9  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  35.35 
 
 
287 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  27.57 
 
 
236 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 
731 aa  53.1  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
719 aa  51.6  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.41 
 
 
769 aa  51.6  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.67 
 
 
234 aa  50.8  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  28.04 
 
 
228 aa  51.2  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  33.02 
 
 
326 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.62 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
242 aa  49.7  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.23 
 
 
225 aa  49.7  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  37.5 
 
 
289 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  23.66 
 
 
232 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.24 
 
 
231 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
729 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.89 
 
 
243 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.63 
 
 
302 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.45 
 
 
242 aa  48.5  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
956 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  21.09 
 
 
232 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  23.66 
 
 
232 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  23.66 
 
 
232 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.53 
 
 
228 aa  48.1  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 
232 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 
201 aa  47.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  21.33 
 
 
232 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.21 
 
 
276 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  32.26 
 
 
250 aa  47  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  35.51 
 
 
237 aa  47  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0352  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.97 
 
 
426 aa  46.6  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.46 
 
 
262 aa  46.6  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.09 
 
 
929 aa  46.2  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  27.48 
 
 
239 aa  46.2  0.0006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.32 
 
 
231 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.78 
 
 
184 aa  46.2  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  27.37 
 
 
485 aa  46.2  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.65 
 
 
242 aa  46.2  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.82 
 
 
239 aa  46.2  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.8 
 
 
243 aa  46.2  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 
242 aa  45.8  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.21 
 
 
242 aa  45.8  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.32 
 
 
232 aa  45.8  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 
242 aa  45.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.82 
 
 
239 aa  45.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  27.27 
 
 
695 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
239 aa  45.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  23.25 
 
 
870 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 
706 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.25 
 
 
1390 aa  45.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.57 
 
 
201 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.28 
 
 
721 aa  44.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
239 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 
695 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.67 
 
 
218 aa  45.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  32.69 
 
 
298 aa  44.3  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.68 
 
 
239 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0326  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  22.4 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.242447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2213  exonuclease  25.52 
 
 
242 aa  44.3  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.35 
 
 
236 aa  44.3  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.77 
 
 
243 aa  43.9  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.82 
 
 
231 aa  43.5  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.37 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  28.78 
 
 
254 aa  43.5  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.79 
 
 
234 aa  43.5  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.3 
 
 
189 aa  43.5  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.929727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.93 
 
 
240 aa  43.5  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  23.25 
 
 
220 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.35 
 
 
241 aa  43.5  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.64 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 
242 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.14 
 
 
236 aa  43.5  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  21.03 
 
 
220 aa  43.5  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  21.03 
 
 
220 aa  43.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
481 aa  42.7  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 
695 aa  43.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.47 
 
 
944 aa  43.1  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>