More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0065 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
261 aa  536  1e-151  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  60.96 
 
 
257 aa  323  2e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  59.27 
 
 
253 aa  313  1e-84  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  5.22631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  57.37 
 
 
257 aa  313  2e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  59.27 
 
 
253 aa  313  2e-84  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  58.06 
 
 
253 aa  308  5e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  4.47983e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  58.3 
 
 
253 aa  302  4e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  56.28 
 
 
254 aa  298  8e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  54.66 
 
 
253 aa  286  2e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  52.63 
 
 
312 aa  268  9e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
274 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.79 
 
 
242 aa  138  9e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.79 
 
 
242 aa  138  9e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  32.79 
 
 
242 aa  138  9e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.79 
 
 
242 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  32.79 
 
 
242 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.79 
 
 
242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.39 
 
 
242 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.79 
 
 
242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.79 
 
 
242 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.39 
 
 
242 aa  136  3e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.41699e-14 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.2 
 
 
290 aa  132  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  33.2 
 
 
266 aa  132  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.80053e-32 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.47 
 
 
332 aa  132  7e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  32.39 
 
 
273 aa  131  9e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.89 
 
 
268 aa  131  1e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  33.88 
 
 
271 aa  130  2e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  32.82 
 
 
266 aa  130  2e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.12991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  33.06 
 
 
239 aa  130  2e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.24724e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  34.13 
 
 
379 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  32.79 
 
 
243 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  32.39 
 
 
243 aa  129  4e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  7.80288e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  32.06 
 
 
251 aa  129  6e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  31.98 
 
 
242 aa  128  1e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  32.4 
 
 
268 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  33.46 
 
 
292 aa  125  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.46 
 
 
292 aa  125  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  34.47 
 
 
290 aa  125  8e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  32.79 
 
 
255 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
240 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  32.17 
 
 
274 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  33.6 
 
 
309 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  30.08 
 
 
238 aa  122  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  35.86 
 
 
241 aa  122  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  33.48 
 
 
288 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  28.97 
 
 
286 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
237 aa  122  8e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.0493e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
245 aa  121  9e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
245 aa  121  9e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.02 
 
 
236 aa  121  1e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.04 
 
 
291 aa  121  1e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.04 
 
 
291 aa  121  1e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.61 
 
 
620 aa  121  1e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  31.75 
 
 
251 aa  120  2e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.04 
 
 
291 aa  120  2e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  33.05 
 
 
322 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  37.18 
 
 
296 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  33.04 
 
 
287 aa  119  4e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  31.87 
 
 
253 aa  119  5e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  32.61 
 
 
293 aa  119  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  32.77 
 
 
290 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
290 aa  118  1e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.8 
 
 
247 aa  117  1e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  31.6 
 
 
298 aa  117  2e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  31.47 
 
 
293 aa  117  2e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.77 
 
 
398 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  33.62 
 
 
572 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.62 
 
 
572 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  31.3 
 
 
291 aa  116  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
626 aa  116  4e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  31.3 
 
 
291 aa  116  4e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  31.3 
 
 
291 aa  116  4e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.62 
 
 
513 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.38 
 
 
312 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.62 
 
 
380 aa  115  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  33.19 
 
 
586 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.33 
 
 
299 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  33.19 
 
 
586 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.19 
 
 
586 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.47 
 
 
247 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.62 
 
 
502 aa  115  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 
554 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 
554 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 
554 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
554 aa  115  7e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 
554 aa  115  7e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.49 
 
 
239 aa  115  7e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  30.89 
 
 
264 aa  115  8e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.36 
 
 
258 aa  115  8e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.97909e-06  hitchhiker  2.06079e-07 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  33.62 
 
 
554 aa  115  8e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  34.12 
 
 
354 aa  114  1e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  31.35 
 
 
245 aa  114  1e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.87 
 
 
291 aa  115  1e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.76 
 
 
633 aa  114  1e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  30.17 
 
 
466 aa  114  1e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.19 
 
 
588 aa  115  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.8 
 
 
239 aa  114  1e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  30.87 
 
 
291 aa  115  1e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2691  RNA-binding S4 domain protein  33.46 
 
 
549 aa  114  2e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  31.58 
 
 
243 aa  114  2e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>