More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0004 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0004  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
355 aa  700  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  2.63126e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2055  DNA polymerase III subunit beta  57.75 
 
 
355 aa  419  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.87 
 
 
355 aa  412  1e-114  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1851  DNA polymerase III subunit beta  58.03 
 
 
355 aa  413  1e-114  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.34 
 
 
356 aa  370  1e-101  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0002  DNA polymerase III subunit beta  49.01 
 
 
355 aa  359  4e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0003  DNA polymerase III subunit beta  50.99 
 
 
356 aa  356  3e-97  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0675072  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0028  DNA polymerase III subunit beta  48.17 
 
 
355 aa  355  7e-97  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.207832  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.45 
 
 
355 aa  353  3e-96  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.2 
 
 
355 aa  346  4e-94  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.44 
 
 
372 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.37 
 
 
372 aa  154  3e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 
372 aa  154  3e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 
367 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 
372 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 
372 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 
372 aa  150  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 
372 aa  150  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
367 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
367 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
367 aa  148  1e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 
372 aa  146  6e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 
372 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 
367 aa  145  7e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
367 aa  146  7e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.11 
 
 
367 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 
376 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
372 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 
372 aa  141  1e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
367 aa  141  1e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  29.89 
 
 
373 aa  141  2e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
367 aa  140  4e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.76 
 
 
367 aa  140  4e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.17 
 
 
367 aa  140  4e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.38 
 
 
367 aa  140  4e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
373 aa  139  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.11 
 
 
367 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
375 aa  136  6e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.52 
 
 
366 aa  136  7e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
375 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
366 aa  135  1e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  26.39 
 
 
375 aa  134  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
375 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
366 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.84 
 
 
367 aa  133  4e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.64 
 
 
368 aa  132  8e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.49 
 
 
365 aa  132  1e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 
368 aa  132  1e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.01704e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 
366 aa  132  1e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.43 
 
 
366 aa  131  2e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  26.98 
 
 
366 aa  131  2e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
373 aa  131  2e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
368 aa  131  2e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
368 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.12 
 
 
372 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
372 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.77 
 
 
368 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
366 aa  130  4e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 
372 aa  130  4e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 
372 aa  129  5e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 
373 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 
373 aa  129  8e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
366 aa  129  8e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.54 
 
 
372 aa  129  8e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
362 aa  129  9e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.25 
 
 
367 aa  129  9e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  26.42 
 
 
366 aa  129  9e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
373 aa  129  1e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.1 
 
 
372 aa  129  1e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
366 aa  128  1e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  24.18 
 
 
366 aa  127  2e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
372 aa  127  2e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.57 
 
 
381 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.0299e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  25.68 
 
 
366 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.09 
 
 
367 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
372 aa  127  4e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
366 aa  126  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  27.72 
 
 
375 aa  126  5e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.38 
 
 
376 aa  126  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
372 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 
367 aa  126  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
371 aa  126  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 
372 aa  125  8e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 
373 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.17 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 
369 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.73 
 
 
373 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 
373 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 
367 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 
366 aa  124  3e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
385 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 
367 aa  123  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.09 
 
 
366 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.93 
 
 
372 aa  123  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  27.15 
 
 
367 aa  122  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>