166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3971 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3971  F0F1 ATP synthase subunit C  100 
 
 
81 aa  148  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000527403  normal  0.270101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4612  F0F1 ATP synthase subunit C  81.94 
 
 
75 aa  110  7e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52210  F0F1 ATP synthase subunit C  75 
 
 
78 aa  107  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3058  F0F1 ATP synthase subunit C  73.61 
 
 
91 aa  100  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04088  F0F1 ATP synthase subunit C  73.24 
 
 
73 aa  100  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0194198  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2915  F0F1 ATP synthase subunit C  73.61 
 
 
91 aa  100  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0057  F0F1 ATP synthase subunit C  73.91 
 
 
78 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3757  F0F1 ATP synthase subunit C  74.63 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00912084  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3649  F0F1 ATP synthase subunit C  74.63 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.88902e-06  unclonable  6.52587e-06 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4467  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  96.3  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.00836e-05  hitchhiker  1.17641e-09 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4370  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00324113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3930  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0039435  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4512  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00265019  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4022  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0586605  normal  0.864238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4050  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73300  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.731054  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4491  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000555437  hitchhiker  4.7604e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4135  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.0467e-05  hitchhiker  0.00469633 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4315  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0295154  hitchhiker  6.18272e-11 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4371  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.50209e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3850  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0401321  hitchhiker  2.55174e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6361  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5300  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.371709  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5735  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000209098  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5126  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00154985  normal  0.574958 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4903  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  8.64371e-08  normal  0.254622 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4752  F0F1 ATP synthase subunit C  73.13 
 
 
83 aa  94.7  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5604  ATP synthase F0, C subunit  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5418  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.651641  hitchhiker  0.000148826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5205  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.158761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5436  F0F1 ATP synthase subunit C  74.29 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3735  F0F1 ATP synthase subunit C  67.16 
 
 
85 aa  94.7  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.246424  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4109  ATP synthase F0, C subunit  73.13 
 
 
86 aa  94.4  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.10329e-14  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3289  ATP synthase F0, C subunit  74.63 
 
 
82 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.524691  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2802  F0F1 ATP synthase subunit C  61.84 
 
 
79 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0121478  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2874  F0F1 ATP synthase subunit C  66.67 
 
 
95 aa  92.8  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.629267  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2029  F0F1 ATP synthase subunit C  74.63 
 
 
82 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.4823e-07  normal  0.0236487 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0188  F0F1 ATP synthase subunit C  74.63 
 
 
81 aa  92  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3961  F0F1 ATP synthase subunit C  67.16 
 
 
84 aa  92.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.418687  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2332  F0F1 ATP synthase subunit C  74.63 
 
 
82 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  5.0881e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4245  F0F1 ATP synthase subunit C  65.67 
 
 
85 aa  90.1  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.28569e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3310  F0F1 ATP synthase subunit C  63.89 
 
 
89 aa  89.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.48515  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2523  F0F1 ATP synthase subunit C  65.67 
 
 
85 aa  88.2  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.05757e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0007  F0F1 ATP synthase subunit C  67.16 
 
 
81 aa  88.2  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.316069  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4300  F0F1 ATP synthase subunit C  64.71 
 
 
82 aa  87  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00293753  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3064  F0F1 ATP synthase subunit C  64.18 
 
 
85 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002025  ATP synthase C chain  64.18 
 
 
84 aa  85.1  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.13686e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00427  F0F1 ATP synthase subunit C  64.18 
 
 
84 aa  85.1  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0181  ATP synthase C chain  60.76 
 
 
100 aa  81.6  3e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2143  ATP synthase F0, C subunit  60.76 
 
 
100 aa  81.6  3e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0210  F0F1 ATP synthase subunit C  61.43 
 
 
81 aa  77  8e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2592  ATP synthase F0, C subunit  61.33 
 
 
78 aa  76.6  1e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.130399  normal  0.0749616 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0192  F0F1 ATP synthase subunit C  58.57 
 
 
82 aa  74.3  6e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0322  F0F1 ATP synthase subunit C  58.57 
 
 
82 aa  73.6  8e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199474  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0111  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
81 aa  71.6  3e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00023938  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0415  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
82 aa  71.6  3e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233607  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0475  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
89 aa  72  3e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0683379  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0303  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
82 aa  71.6  3e-12  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073525 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0298  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
82 aa  71.6  3e-12  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104912  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0250  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
82 aa  71.2  4e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.436131  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0367  F0F1 ATP synthase subunit C  54.29 
 
 
82 aa  70.9  6e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.467812  normal  0.384137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4875  ATP synthase F0, C subunit  54.79 
 
 
87 aa  69.7  1e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2749  F0F1 ATP synthase subunit C  52.7 
 
 
90 aa  68.9  2e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.57567e-05  normal  0.274405 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1701  F0F1 ATP synthase subunit C  64.71 
 
 
84 aa  68.9  2e-11  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.156279  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0305  F0F1 ATP synthase subunit C  53.42 
 
 
90 aa  68.9  2e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.26733e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2435  F0F1 ATP synthase subunit C  69.39 
 
 
95 aa  66.6  1e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.170568  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3880  F0F1 ATP synthase subunit C  74.42 
 
 
73 aa  66.6  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000208211  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06109  F0F1 ATP synthase subunit C  67.39 
 
 
78 aa  66.6  1e-10  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0146  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
80 aa  64.3  5e-10  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0142488  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3988  F0F1 ATP synthase subunit C  55.26 
 
 
79 aa  62.8  1e-09  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2170  ATP synthase F0, C subunit  45.57 
 
 
94 aa  63.2  1e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.56588e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0003  F0F1 ATP synthase subunit C  55.26 
 
 
79 aa  62.8  1e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000246194  hitchhiker  0.00331454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4189  F0F1 ATP synthase subunit C  55.26 
 
 
79 aa  62.8  1e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  6.79423e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4181  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.00442e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4207  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.561e-05  normal  0.18603 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4257  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  normal  0.0154654 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4221  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.13727e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4080  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0154627  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4253  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.80869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4105  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000112131  normal  0.0773031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3953  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.43457e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4151  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00873131  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4201  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0143257  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4184  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.97699e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4095  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.06486e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03621  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00019475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03565  hypothetical protein  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  9.1636e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5173  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000332206  normal  0.0103681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0367  ATP synthase F0, C subunit  50 
 
 
79 aa  62.4  2e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4127  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000317799  normal  0.696141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4260  F0F1 ATP synthase subunit C  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0558082  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4230  ATP synthase F0, C subunit  58.33 
 
 
79 aa  62.8  2e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00228922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3079  ATP synthase F0, C subunit  43.84 
 
 
94 aa  62  3e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0268592  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3531  F0F1 ATP synthase subunit C  60.38 
 
 
82 aa  61.2  5e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0499158 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4542  F0F1 ATP synthase subunit C  56.52 
 
 
79 aa  59.7  2e-08  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000104626  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4252  F0F1 ATP synthase subunit C  56.52 
 
 
79 aa  59.7  2e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00748744  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2330  ATP synthase F0, C subunit  48.21 
 
 
95 aa  58.9  2e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  2.2409e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3899  F0F1 ATP synthase subunit C  56.6 
 
 
89 aa  58.5  3e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3032  F0F1 ATP synthase subunit C  56.6 
 
 
89 aa  58.5  3e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0035  F0F1 ATP synthase subunit C  56.6 
 
 
89 aa  58.5  3e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00371718  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>