More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3910 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  37.92 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  43.64 
 
 		 685 aa  178  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  37.87 
 
 		 637 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  41.4 
 
 		 843 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  36.3 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.02 
 
 		 806 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  36.75 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  33.8 
 
 		 981 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 		 456 aa  159  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  34.97 
 
 		 840 aa  159  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.62 
 
 		 795 aa  157  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 479 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  41.12 
 
 		 432 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  43.43 
 
 		 636 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  43.43 
 
 		 636 aa  155  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  39.91 
 
 		 560 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 752 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  36.94 
 
 		 816 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  35.84 
 
 		 784 aa  149  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 807 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  37.85 
 
 		 874 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  32.99 
 
 		 435 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 475 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  36.77 
 
 		 1235 aa  146  5e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 435 aa  146  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  38.31 
 
 		 451 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  37.32 
 
 		 864 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.33 
 
 		 753 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  33.21 
 
 		 891 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 785 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1903  MscS Mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0101  putative AefA  39.57 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000000159695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 842 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 		 437 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 472 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  31.82 
 
 		 782 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  31.5 
 
 		 439 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  31.9 
 
 		 832 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 428 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  38.67 
 
 		 861 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  36.67 
 
 		 1110 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  32.99 
 
 		 796 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 		 437 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 432 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 1158 aa  136  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.25 
 
 		 1120 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.25 
 
 		 1120 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.25 
 
 		 1120 aa  135  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 1127 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  33.2 
 
 		 1115 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  32.97 
 
 		 449 aa  134  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  38.35 
 
 		 849 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 440 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1118 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  36.75 
 
 		 847 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1118 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  36.75 
 
 		 847 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1118 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  35.05 
 
 		 441 aa  132  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  38.06 
 
 		 877 aa  132  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  31.94 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1118 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  34.45 
 
 		 1120 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.05 
 
 		 825 aa  132  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 1066 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  35.06 
 
 		 1098 aa  132  9e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  30.42 
 
 		 1117 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  31.95 
 
 		 1111 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 1060 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 845 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  30.43 
 
 		 1133 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 		 1062 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  34.4 
 
 		 1080 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  30.92 
 
 		 1134 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  30.92 
 
 		 1134 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 1070 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  35.02 
 
 		 1102 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 844 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08271  hypothetical protein  32.49 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  30.74 
 
 		 435 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 843 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  32.31 
 
 		 1144 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  32.17 
 
 		 732 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 1078 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  26.9 
 
 		 448 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 		 307 aa  126  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 451 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 		 1068 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>