More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3858 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 393 aa  805    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 364 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  37.24 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  24.7 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 390 aa  93.2  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 385 aa  92  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 392 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 391 aa  86.3  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  41.9 
 
 		 376 aa  86.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 349 aa  84  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  37.62 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.45 
 
 		 389 aa  83.2  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  33.91 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.52 
 
 		 404 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 368 aa  79.7  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 375 aa  74.3  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 379 aa  73.6  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 383 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  36.79 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.7 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 370 aa  70.1  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 380 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 373 aa  68.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 106 aa  68.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  27.71 
 
 		 380 aa  67  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  36.19 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.29 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 760 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 515 aa  59.7  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 571 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  45.45 
 
 		 1296 aa  57  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  34.12 
 
 		 301 aa  57  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002640  transcriptional regulator AraC family  34.72 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 533 aa  56.2  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 427 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 331 aa  56.2  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 296 aa  55.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 532 aa  55.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 78 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0359  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 405 aa  55.1  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.524425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  32.94 
 
 		 307 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 532 aa  54.7  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 269 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 337 aa  54.3  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  33.88 
 
 		 340 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 154 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  27 
 
 		 231 aa  53.9  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 276 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 274 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  25.55 
 
 		 349 aa  53.5  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 372 aa  53.5  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 284 aa  53.5  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 291 aa  53.5  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 282 aa  53.5  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 259 aa  53.1  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.91 
 
 		 537 aa  53.1  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 367 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 331 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  36.11 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>