More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3808 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 377 aa  776    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 379 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 385 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 390 aa  166  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 392 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  28.35 
 
 		 404 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 373 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 389 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  27.24 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.33 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  25.88 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 392 aa  94  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 422 aa  92.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 377 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 362 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 363 aa  86.3  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  41.58 
 
 		 106 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 399 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  36.27 
 
 		 406 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 399 aa  82.4  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 364 aa  75.1  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.03 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  31.71 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 331 aa  69.3  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  30.84 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 438 aa  67  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 760 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.36 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  23.4 
 
 		 352 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 515 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 513 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30.51 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 530 aa  63.2  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  35.11 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 440 aa  62.8  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 259 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 298 aa  62  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2102  transcriptional regulator, AraC family  24.49 
 
 		 217 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000168786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 531 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 531 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 556 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  27.97 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  27.97 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  27.68 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  28.7 
 
 		 791 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1455  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  34.02 
 
 		 391 aa  59.7  0.00000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4426  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 290 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378526 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.5 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 1201 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 118 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  24.64 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  24.64 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 791 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>