More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3722 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3722  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 196 aa  111  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6550  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124296  normal  0.0144339 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  40.25 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  40.25 
 
 		 201 aa  104  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 192 aa  104  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6808  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 200 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  34.57 
 
 		 193 aa  98.2  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 205 aa  97.8  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 189 aa  97.4  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 197 aa  95.5  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 187 aa  95.1  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 190 aa  95.1  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0550  regulatory protein, TetR  33.95 
 
 		 199 aa  94.4  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 228 aa  93.2  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 192 aa  92  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 200 aa  91.7  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 202 aa  91.3  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 185 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 176 aa  88.6  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 201 aa  88.6  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 191 aa  88.2  7e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 201 aa  87.8  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 178 aa  87.8  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 201 aa  87  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 219 aa  87  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 186 aa  87.8  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 185 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 190 aa  85.5  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 202 aa  85.5  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
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NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 194 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 221 aa  84.3  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  33.59 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 181 aa  83.2  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 195 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 187 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 184 aa  79.7  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7147  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0368  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00011837  normal  0.0425 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 257 aa  78.2  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5634  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 196 aa  77.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 200 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1089  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5255  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5344  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772275  normal  0.605205 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1039  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68157  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  37.07 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0425  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  26.58 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 197 aa  74.3  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  33.58 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001160  transcriptional regulator  30 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 205 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_2980  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 202 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 202 aa  71.2  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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