223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3710 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 
476 aa  982    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  56.93 
 
 
415 aa  377  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.08 
 
 
507 aa  353  4e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  42.12 
 
 
507 aa  349  7e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  51.17 
 
 
425 aa  348  2e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  40.48 
 
 
514 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  51.61 
 
 
342 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  46.69 
 
 
347 aa  293  4e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  43.86 
 
 
364 aa  283  6.000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.75 
 
 
387 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.75 
 
 
387 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.54 
 
 
386 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.24 
 
 
390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  57.65 
 
 
181 aa  195  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.92 
 
 
399 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  31.88 
 
 
400 aa  187  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  31.88 
 
 
400 aa  187  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.88 
 
 
400 aa  187  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.51 
 
 
619 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.81 
 
 
612 aa  182  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.24 
 
 
405 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.01 
 
 
606 aa  181  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.24 
 
 
405 aa  177  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.4 
 
 
557 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.84 
 
 
373 aa  167  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.94 
 
 
412 aa  167  5.9999999999999996e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.44 
 
 
377 aa  160  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.39 
 
 
566 aa  159  9e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  30.33 
 
 
732 aa  146  8.000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.56 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.72 
 
 
916 aa  140  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.34 
 
 
492 aa  139  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.94 
 
 
777 aa  138  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  31.25 
 
 
397 aa  136  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.27 
 
 
897 aa  134  3e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  30.29 
 
 
369 aa  134  3.9999999999999996e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  28.2 
 
 
650 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  30.82 
 
 
480 aa  122  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.6 
 
 
399 aa  122  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3927  Ricin B lectin  46.15 
 
 
436 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  44.85 
 
 
691 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1428  Ricin B lectin  41.48 
 
 
1139 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.737248  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2942  Alpha-N-arabinofuranosidase  41.06 
 
 
474 aa  110  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0858983  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4574  Ricin B lectin  42.06 
 
 
672 aa  106  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  44.7 
 
 
495 aa  105  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0383  Ricin B lectin  43.18 
 
 
401 aa  103  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  40 
 
 
466 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6907  Ricin B lectin  40.58 
 
 
469 aa  101  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00437458  decreased coverage  0.0000226989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4966  Alpha-N-arabinofuranosidase  43.18 
 
 
507 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451245  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2125  Ricin B lectin  37.11 
 
 
491 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4621  Ricin B lectin  39.72 
 
 
497 aa  99  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6290  Ricin B lectin  36.23 
 
 
1259 aa  97.8  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0798248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3106  Ricin B lectin  38.82 
 
 
548 aa  97.1  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930028  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0455  Carbohydrate binding family 6  38.17 
 
 
618 aa  93.6  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2530  Ricin B lectin  34.72 
 
 
412 aa  93.2  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00551776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4904  Ricin B lectin  36.67 
 
 
494 aa  92.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146094  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5663  Ricin B lectin  35.76 
 
 
1187 aa  91.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.765642  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2848  Alpha-N-arabinofuranosidase  39.39 
 
 
520 aa  91.7  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.724859  decreased coverage  0.0053695 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0661  Ricin B lectin  34.06 
 
 
571 aa  90.9  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  39.85 
 
 
430 aa  89.7  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  37.78 
 
 
794 aa  87.8  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6252  Ricin B lectin  33.08 
 
 
737 aa  86.7  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.189274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3108  Ricin B lectin  38.35 
 
 
368 aa  86.7  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.448739  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1664  lectin repeat-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.912119  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0712  lectin repeat-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.900098  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1713  lectin repeat-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1921  lectin repeat-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00570044  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2317  heme utilization/adhesion protein  36.03 
 
 
806 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2233  ricin-type beta-trefoil lectin domain/galactose oxidase domain-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0596  ricin-type beta-trefoil lectin domain/galactose oxidase domain-containing protein  36.03 
 
 
806 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.39383  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3803  Ricin B lectin  31.9 
 
 
943 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307116  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  37.31 
 
 
566 aa  85.1  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0859  Ricin B lectin  40.54 
 
 
483 aa  85.5  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4872  Ricin B lectin  38.46 
 
 
489 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111071  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1962  Endo-1,4-beta-xylanase  35.56 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.634854  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4995  Ricin B lectin  34.07 
 
 
1016 aa  84.7  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.214567  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.54 
 
 
507 aa  83.6  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0730  lectin repeat-containing protein  33.83 
 
 
806 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7107  Galactosylceramidase  36.6 
 
 
803 aa  83.2  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0521566  normal  0.686545 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48282  predicted protein  32.28 
 
 
1567 aa  82.8  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0368  Ricin B lectin  30.77 
 
 
1577 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18771  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  36.22 
 
 
982 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4084  Ricin B lectin  31.94 
 
 
1413 aa  82.4  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3581  Glycoside hydrolase family 59  35.46 
 
 
801 aa  82.4  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4856  Ricin B lectin  32.59 
 
 
569 aa  81.6  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.173308  normal  0.0148414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4884  glycoside hydrolase family 62  36.09 
 
 
492 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.918627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  35 
 
 
863 aa  80.9  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  36.57 
 
 
503 aa  80.9  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  33.81 
 
 
537 aa  79.7  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2737  Ricin B lectin  34.38 
 
 
1148 aa  79.7  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.285354  normal  0.294912 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4906  Ricin B lectin  38.89 
 
 
603 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.20179  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2738  Ricin B lectin  36.15 
 
 
468 aa  79  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.16823  normal  0.176429 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4198  Pectinesterase  33.59 
 
 
487 aa  79  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.018397  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  33.33 
 
 
474 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4880  Ricin B lectin  33.07 
 
 
558 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0253313  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2746  Ricin B lectin  32.84 
 
 
726 aa  78.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.865768 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3716  Glucan endo-1,6-beta-glucosidase  37.3 
 
 
648 aa  78.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082152 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4287  Ricin B lectin  38.06 
 
 
647 aa  77.8  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.718232  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1665  Alpha-galactosidase  32.67 
 
 
567 aa  77.4  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0964  Ricin B lectin  33.07 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0183712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>