37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3447 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3447  pectin methylesterase-like  100 
 
 		 1081 aa  2203    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000110016  hitchhiker  0.000230846 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2949  pectinesterase  30.51 
 
 		 567 aa  99  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.765546  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4248  pectate lyase  32.36 
 
 		 666 aa  95.5  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.38518  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0486  Pectinesterase  31.58 
 
 		 644 aa  91.7  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.536234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4096  pectinesterase  28.45 
 
 		 338 aa  90.5  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.557872  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4273  pectinesterase  29.39 
 
 		 571 aa  87.8  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4787  Pectinesterase  28.41 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.669677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4438  Pectinesterase  28.73 
 
 		 391 aa  82.8  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0674523  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1157  Pectinesterase  30.34 
 
 		 322 aa  80.9  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1246  Pectinesterase  28.15 
 
 		 560 aa  80.5  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3639  pectinesterase  29.61 
 
 		 361 aa  79  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0844  pectinesterase A  29.61 
 
 		 361 aa  79  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2766  Pectinesterase  29.32 
 
 		 366 aa  77.4  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.422306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3511  pectinesterase A  29.61 
 
 		 361 aa  76.6  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.12966  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3049  Pectinesterase  28.24 
 
 		 326 aa  76.3  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4198  Pectinesterase  29.28 
 
 		 487 aa  72.8  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.018397  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1301  pectinesterase  25.94 
 
 		 345 aa  72  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  29.18 
 
 		 794 aa  72  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1087  Pectinesterase  26.32 
 
 		 366 aa  69.7  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.925496  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0433  Pectinesterase  29.08 
 
 		 457 aa  68.2  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.825978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0944  ribosomal protein L30  25 
 
 		 389 aa  67.8  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000748406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1228  Pectinesterase  26.49 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1149  Pectinesterase  26.57 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3047  Pectinesterase  27.04 
 
 		 368 aa  64.3  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1812  Pectinesterase  29.96 
 
 		 326 aa  63.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  27.14 
 
 		 686 aa  61.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1391  Pectinesterase  23.58 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00169458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0740  pectinesterase  25 
 
 		 865 aa  57.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0501  pectinesterase  25.98 
 
 		 447 aa  57.8  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00373  putative pectinesterase  30.73 
 
 		 393 aa  57  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.350288  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3820  Pectinesterase  24.36 
 
 		 627 aa  54.7  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  25.94 
 
 		 730 aa  53.9  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  66.67 
 
 		 268 aa  49.7  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2469  Pectinesterase  22.65 
 
 		 746 aa  49.3  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.151342  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1090  hypothetical protein  42.55 
 
 		 231 aa  49.3  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4663  Pectinesterase  25.09 
 
 		 334 aa  48.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0682309  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4090  pectinesterase  31.43 
 
 		 469 aa  45.4  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169247  normal  0.786788 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>