More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3405 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  100 
 
 		 714 aa  1468    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  39.52 
 
 		 726 aa  506  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  38.3 
 
 		 687 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 		 736 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  35.78 
 
 		 713 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  34.46 
 
 		 712 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  34.32 
 
 		 729 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02805  TonB-dependent receptor  36.68 
 
 		 696 aa  412  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00354555  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 732 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 		 733 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 		 733 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  34.27 
 
 		 748 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  34.4 
 
 		 757 aa  395  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  33.25 
 
 		 744 aa  391  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 744 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 743 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 743 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 730 aa  385  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 744 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 697 aa  333  5e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 690 aa  186  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 690 aa  185  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 764 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 687 aa  171  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 853 aa  170  9e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 720 aa  170  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 851 aa  170  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  24.44 
 
 		 715 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 704 aa  164  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 720 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 757 aa  161  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 753 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 737 aa  158  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.4 
 
 		 695 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 732 aa  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 713 aa  147  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 751 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 743 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 738 aa  141  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.78 
 
 		 759 aa  140  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 734 aa  140  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 778 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 747 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 728 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 763 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 802 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 755 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 771 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 766 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 783 aa  128  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 728 aa  128  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 773 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  23.03 
 
 		 767 aa  127  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 686 aa  127  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 694 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 800 aa  126  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 800 aa  126  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 773 aa  126  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 803 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  22.27 
 
 		 829 aa  125  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 797 aa  124  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 712 aa  123  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 783 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3044  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 775 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 736 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 835 aa  122  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  21.45 
 
 		 771 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 713 aa  121  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 724 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 748 aa  120  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 710 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 702 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 713 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.8 
 
 		 755 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 753 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 761 aa  119  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 761 aa  118  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 763 aa  118  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 786 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 774 aa  117  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  24.1 
 
 		 751 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 730 aa  115  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 718 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 703 aa  114  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  24.25 
 
 		 741 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 778 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 722 aa  114  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0572  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 758 aa  113  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 790 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 769 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 732 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 773 aa  112  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 695 aa  112  3e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 790 aa  112  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 767 aa  111  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 684 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 732 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 759 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 		 790 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>