81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3317 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  46.6 
 
 		 1121 aa  1010    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  45.12 
 
 		 1143 aa  966    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3317  Beta-xylosidase-like  100 
 
 		 1174 aa  2398    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00018095  hitchhiker  0.000000702951 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  46.19 
 
 		 1112 aa  991    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  46.68 
 
 		 1121 aa  1017    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  46.68 
 
 		 1121 aa  1020    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  36.79 
 
 		 848 aa  509  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  36.44 
 
 		 804 aa  487  1e-136  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  40.39 
 
 		 475 aa  346  2e-93  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  40.16 
 
 		 476 aa  345  2.9999999999999997e-93  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  37.48 
 
 		 471 aa  334  5e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  37.67 
 
 		 471 aa  333  1e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  37.83 
 
 		 789 aa  331  4e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  37.2 
 
 		 810 aa  320  9e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  37.99 
 
 		 707 aa  315  2.9999999999999996e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  38.81 
 
 		 488 aa  294  8e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  36.25 
 
 		 703 aa  289  2e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  36.29 
 
 		 494 aa  269  2e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  29.02 
 
 		 472 aa  177  8e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1543  beta-xylosidase  30.22 
 
 		 531 aa  164  1e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000200892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1738  hypothetical protein  32 
 
 		 249 aa  140  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306198  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0638  hypothetical protein  36.16 
 
 		 250 aa  138  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613219  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1737  hypothetical protein  36.44 
 
 		 251 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000179479  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0667  LamG domain-containing protein  36.02 
 
 		 247 aa  134  9e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0663  hypothetical protein  35.71 
 
 		 250 aa  134  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.351278  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0642  LamG domain-containing protein  36.32 
 
 		 247 aa  132  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000110792  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0666  hypothetical protein  33.79 
 
 		 258 aa  125  6e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0641  hypothetical protein  31.66 
 
 		 258 aa  124  9e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1542  beta-xylosidase  29.64 
 
 		 581 aa  122  3.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  26.15 
 
 		 456 aa  94.4  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0640  hypothetical protein  33.33 
 
 		 250 aa  91.7  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000266751  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0665  hypothetical protein  32.79 
 
 		 250 aa  90.5  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.67 
 
 		 341 aa  72.8  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.43 
 
 		 357 aa  68.9  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  24.24 
 
 		 346 aa  67.4  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.14 
 
 		 327 aa  67  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  24.93 
 
 		 357 aa  67.4  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.8 
 
 		 343 aa  67.4  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  32.06 
 
 		 491 aa  67.4  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1856  hypothetical protein  31.54 
 
 		 739 aa  66.6  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.45 
 
 		 356 aa  66.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  32.28 
 
 		 739 aa  65.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.57 
 
 		 472 aa  65.1  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.82 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  28.01 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.12 
 
 		 355 aa  64.3  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  25.08 
 
 		 341 aa  63.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  27.88 
 
 		 829 aa  63.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  30.69 
 
 		 739 aa  63.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  25.08 
 
 		 355 aa  62.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  25.65 
 
 		 331 aa  60.1  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  25.06 
 
 		 3320 aa  59.3  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  31.58 
 
 		 598 aa  58.9  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  33.58 
 
 		 480 aa  57.4  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.21 
 
 		 334 aa  55.8  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0378  protein of unknown function DUF1549  26.85 
 
 		 1067 aa  54.3  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.00109161  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  26.46 
 
 		 319 aa  53.9  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14310  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  30.23 
 
 		 864 aa  52.4  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  27.92 
 
 		 366 aa  52  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  22.98 
 
 		 400 aa  51.6  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  26.24 
 
 		 537 aa  50.8  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  21.93 
 
 		 393 aa  50.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  27.41 
 
 		 757 aa  50.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1017  hypothetical protein  24.63 
 
 		 252 aa  50.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1047  hypothetical protein  25.98 
 
 		 316 aa  49.3  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0737  glycoside hydrolase family protein  25.74 
 
 		 345 aa  48.9  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.612706  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0850  hypothetical protein  37.68 
 
 		 428 aa  48.9  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0290611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  23.78 
 
 		 1310 aa  48.5  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6601  LamG domain-containing protein  36.47 
 
 		 741 aa  47.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.595168 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3020  hypothetical protein  47.69 
 
 		 1250 aa  47  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.54139  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  24.61 
 
 		 386 aa  47  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  24.88 
 
 		 1013 aa  47.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2203  protein of unknown function DUF1549  25.35 
 
 		 1091 aa  47.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6119  LamG domain-containing protein  35.71 
 
 		 741 aa  46.6  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5754  LamG-like jellyroll fold  35.71 
 
 		 741 aa  46.6  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3109  glycoside hydrolase family protein  25.51 
 
 		 644 aa  46.6  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01100  hypothetical protein  33.33 
 
 		 992 aa  45.4  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4794  hypothetical protein  26.17 
 
 		 429 aa  45.1  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0109518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  24.48 
 
 		 384 aa  44.7  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  23.85 
 
 		 4357 aa  44.7  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01652  putative transmembrane protein  24.39 
 
 		 767 aa  44.7  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.993678  normal  0.0258768 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>