More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3282 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  100 
 
 
424 aa  843    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  62.5 
 
 
428 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  56.25 
 
 
434 aa  498  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  59.76 
 
 
425 aa  486  1e-136  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  52.64 
 
 
440 aa  452  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  52.69 
 
 
432 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  46.24 
 
 
424 aa  426  1e-118  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  38.6 
 
 
430 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  38.6 
 
 
430 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  35.47 
 
 
433 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  35.47 
 
 
433 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  36.43 
 
 
441 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  36.47 
 
 
433 aa  264  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  36.97 
 
 
430 aa  263  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  36.91 
 
 
426 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  35.65 
 
 
427 aa  262  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  35.34 
 
 
434 aa  257  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  35.34 
 
 
433 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  35.34 
 
 
434 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  37.2 
 
 
431 aa  256  4e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  34.44 
 
 
430 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  34.44 
 
 
430 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  34.68 
 
 
430 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  36.7 
 
 
432 aa  252  8.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  34.13 
 
 
433 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  35.1 
 
 
432 aa  252  8.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  35.1 
 
 
432 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  35.1 
 
 
472 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  35.1 
 
 
472 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  35.85 
 
 
435 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  34.88 
 
 
430 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  34.9 
 
 
429 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  36.79 
 
 
439 aa  249  5e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  35.85 
 
 
423 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  34.64 
 
 
430 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  35.84 
 
 
435 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  33.49 
 
 
424 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  34.13 
 
 
433 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  34.04 
 
 
433 aa  246  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  32.08 
 
 
434 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  34.04 
 
 
434 aa  246  6e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  32.08 
 
 
434 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  32.08 
 
 
434 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  34.86 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  34.86 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  34.86 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  34.38 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  32.08 
 
 
434 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  34.86 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  32.08 
 
 
434 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  34.38 
 
 
436 aa  245  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  33.02 
 
 
429 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  34.11 
 
 
431 aa  244  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  35.04 
 
 
441 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  34.13 
 
 
474 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.48586 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  32.85 
 
 
425 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  32.85 
 
 
425 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  33.41 
 
 
432 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  33.97 
 
 
430 aa  240  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  36.84 
 
 
432 aa  239  8e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  32.81 
 
 
429 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  35.79 
 
 
454 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  35.06 
 
 
449 aa  236  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  35.61 
 
 
423 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  34.24 
 
 
430 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  33.01 
 
 
468 aa  231  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  35.7 
 
 
423 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  33.66 
 
 
433 aa  230  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  35.7 
 
 
443 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  34.09 
 
 
411 aa  229  7e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  35.75 
 
 
423 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  35.75 
 
 
423 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  32.94 
 
 
436 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  35.91 
 
 
435 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  32.58 
 
 
430 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  35.74 
 
 
429 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  35.11 
 
 
453 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  32.94 
 
 
436 aa  222  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  32.78 
 
 
457 aa  221  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  31.92 
 
 
427 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4873  major facilitator transporter  36.41 
 
 
501 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  0.996153 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  35.06 
 
 
439 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  34.57 
 
 
442 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  33.5 
 
 
441 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  34.42 
 
 
445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  32.22 
 
 
448 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3060  major facilitator transporter  34.02 
 
 
436 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.135918  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  34.49 
 
 
439 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  33.84 
 
 
441 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  33.92 
 
 
480 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  33.92 
 
 
441 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02062  putative transporter transmembrane protein  34.6 
 
 
441 aa  210  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000104941  normal  0.781434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  33.75 
 
 
441 aa  210  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  30.08 
 
 
436 aa  209  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  33 
 
 
442 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  33.73 
 
 
449 aa  207  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  31.06 
 
 
435 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 
420 aa  206  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  29.57 
 
 
436 aa  204  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3179  major facilitator transporter  34 
 
 
432 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107398  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>