More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3230 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 298 aa  619  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.1 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.12 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 306 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.49 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.34 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 335 aa  222  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 293 aa  218  8.999999999999998e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 291 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  37.58 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 303 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.12 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.04 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 315 aa  201  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 312 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 295 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 367 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 367 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.37 
 
 		 293 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 362 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  195  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 301 aa  195  9e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>