16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3217 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3217  modification methylase HemK  100 
 
 
187 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1606  type IV pilus assembly PilZ  24.87 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321815  normal  0.0962013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1808  hypothetical protein  25.56 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1694  type IV pilus assembly PilZ  24.71 
 
 
194 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.132383 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1844  type IV pilus assembly PilZ  25.13 
 
 
193 aa  58.9  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.177632  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1670  type IV pilus assembly PilZ  24.71 
 
 
194 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1890  hypothetical protein  26.06 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1901  hypothetical protein  26.06 
 
 
185 aa  56.2  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2172  hypothetical protein  24.32 
 
 
199 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.849179  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25420  hypothetical protein  23.78 
 
 
254 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2153  type IV pilus assembly PilZ  23.56 
 
 
194 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00727048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3589  type IV pilus assembly PilZ  22.99 
 
 
194 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.549929 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2108  hypothetical protein  21.98 
 
 
195 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1903  hypothetical protein  23.43 
 
 
195 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.378219  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3860  hypothetical protein  23.89 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01529  hypothetical protein  24.28 
 
 
196 aa  41.2  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>