More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3153 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 364 aa  745    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 393 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  44.63 
 
 		 373 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 376 aa  96.7  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 422 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 399 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 391 aa  86.7  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  41.32 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.32 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  45 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 390 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 		 353 aa  79.7  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 379 aa  79.3  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.9 
 
 		 390 aa  79.3  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  31.53 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 371 aa  75.9  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 377 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  31.58 
 
 		 352 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 349 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  31.61 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.75 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 106 aa  69.7  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 368 aa  69.7  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  31.91 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  34.43 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 381 aa  67.8  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 362 aa  67.4  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 1201 aa  63.2  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 379 aa  62  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.55 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 760 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 438 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 492 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 233 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  22.93 
 
 		 248 aa  57  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  31.75 
 
 		 307 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 513 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  36.05 
 
 		 250 aa  57  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.59 
 
 		 497 aa  56.2  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 260 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 274 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 686 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 686 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 251 aa  55.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  30.69 
 
 		 397 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 231 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 719 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.63 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 493 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  34.88 
 
 		 250 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 273 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 302 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 335 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 322 aa  54.3  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 281 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 302 aa  53.9  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>