More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3127 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  45.58 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  37.72 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 202 aa  141  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0450  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1443  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6785  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  31.91 
 
 		 227 aa  98.6  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 238 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 239 aa  95.5  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  37.09 
 
 		 222 aa  95.1  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 232 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  38.18 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 209 aa  93.2  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 237 aa  93.2  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 254 aa  92  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.59 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 237 aa  90.9  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 216 aa  89.4  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 216 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 238 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 238 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  32.42 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 250 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 266 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 219 aa  87.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.42 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 232 aa  87  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  32.67 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 240 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  36.77 
 
 		 268 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 217 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  26.39 
 
 		 212 aa  85.5  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 240 aa  85.5  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.74 
 
 		 229 aa  85.1  8e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 224 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.74 
 
 		 229 aa  85.1  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 225 aa  85.1  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.17 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  37.58 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  27.59 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>