More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3034 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.21 
 
 		 610 aa  686    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.32 
 
 		 632 aa  696    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.856742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.51 
 
 		 646 aa  683    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.16 
 
 		 607 aa  640    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.57 
 
 		 599 aa  679    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.35 
 
 		 594 aa  639    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  58.78 
 
 		 606 aa  646    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04825  ATP-dependent RNA helicase  57.26 
 
 		 614 aa  659    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  60.25 
 
 		 583 aa  643    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  61.59 
 
 		 590 aa  700    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  57.84 
 
 		 640 aa  675    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  63.7 
 
 		 574 aa  726    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0191  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.82 
 
 		 609 aa  667    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.29 
 
 		 602 aa  702    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 595 aa  1214    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3203  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  55.81 
 
 		 581 aa  652    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185856  normal  0.0248784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.35 
 
 		 611 aa  635    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  59.17 
 
 		 589 aa  665    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.32 
 
 		 591 aa  658    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0220  ATP-dependent RNA helicase  58.82 
 
 		 609 aa  667    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.986223  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.31 
 
 		 589 aa  685    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  57.09 
 
 		 637 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.01 
 
 		 634 aa  634  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.59 
 
 		 610 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  58.6 
 
 		 579 aa  631  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.88 
 
 		 640 aa  627  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.72 
 
 		 640 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.08 
 
 		 599 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.72 
 
 		 640 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.72 
 
 		 640 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.48 
 
 		 640 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.43 
 
 		 623 aa  622  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.06 
 
 		 622 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.06 
 
 		 622 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.22 
 
 		 619 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.61 
 
 		 623 aa  619  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.91 
 
 		 605 aa  619  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.58 
 
 		 617 aa  598  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000324399  unclonable  0.0000000000803743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  54.58 
 
 		 617 aa  598  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.56 
 
 		 747 aa  598  1e-169  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.65 
 
 		 677 aa  592  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  50.4 
 
 		 632 aa  588  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.08 
 
 		 589 aa  590  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.08 
 
 		 664 aa  586  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.1 
 
 		 608 aa  585  1e-166  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.08 
 
 		 664 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.08 
 
 		 664 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1574  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  61.97 
 
 		 499 aa  579  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.23 
 
 		 557 aa  579  1e-164  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.35 
 
 		 694 aa  578  1e-164  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.01 
 
 		 625 aa  581  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.23 
 
 		 557 aa  579  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  53.23 
 
 		 557 aa  579  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  54.22 
 
 		 621 aa  578  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.87 
 
 		 624 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.47 
 
 		 653 aa  571  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.58 
 
 		 629 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.58 
 
 		 629 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.58 
 
 		 629 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.58 
 
 		 629 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  53.58 
 
 		 629 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.94 
 
 		 559 aa  568  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.42 
 
 		 602 aa  561  1.0000000000000001e-159  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  52.49 
 
 		 636 aa  562  1.0000000000000001e-159  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  52.87 
 
 		 629 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.87 
 
 		 629 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.69 
 
 		 651 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0647  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.41 
 
 		 589 aa  560  1e-158  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.176165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  52.87 
 
 		 629 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.69 
 
 		 651 aa  558  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14791  putative ATP-dependent RNA helicase  51.15 
 
 		 589 aa  560  1e-158  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.459404  normal  0.230286 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.69 
 
 		 651 aa  558  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.87 
 
 		 629 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.87 
 
 		 629 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.87 
 
 		 629 aa  559  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  49.24 
 
 		 601 aa  556  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.35 
 
 		 597 aa  552  1e-156  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.44 
 
 		 564 aa  550  1e-155  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  51.68 
 
 		 607 aa  550  1e-155  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  50.55 
 
 		 563 aa  549  1e-155  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  49.82 
 
 		 591 aa  550  1e-155  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1407  DEAD/DEAH box helicase-like  50.87 
 
 		 624 aa  544  1e-153  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.721389  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2611  DEAD/DEAH box helicase-like  60.05 
 
 		 500 aa  538  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000048378  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10851  putative ATP-dependent RNA helicase  48.83 
 
 		 604 aa  538  1e-151  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.638116  normal  0.290308 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1726  RNA helicase DeaD  47.91 
 
 		 611 aa  528  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  48.46 
 
 		 589 aa  525  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  48.63 
 
 		 589 aa  527  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1139  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.82 
 
 		 568 aa  527  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.54 
 
 		 528 aa  520  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.989648  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  48.73 
 
 		 731 aa  519  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  47 
 
 		 641 aa  508  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  54.81 
 
 		 655 aa  497  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0430  ATP-dependent RNA helicase DeaD  46.87 
 
 		 663 aa  494  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0524797  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1112  DEAD/DEAH box helicase-like  47.55 
 
 		 593 aa  490  1e-137  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.446454  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11921  putative ATP-dependent RNA helicase  46.79 
 
 		 595 aa  486  1e-136  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.412089  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.74 
 
 		 584 aa  486  1e-136  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.1 
 
 		 559 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.1 
 
 		 559 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.32 
 
 		 627 aa  482  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.97 
 
 		 560 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>