More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2989 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  100 
 
 
474 aa  963    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  58.19 
 
 
384 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  50.81 
 
 
459 aa  368  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 
445 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  47.44 
 
 
367 aa  319  7e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  38.95 
 
 
460 aa  296  7e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 
489 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 
439 aa  180  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 
337 aa  177  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  30.46 
 
 
572 aa  171  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  28.61 
 
 
537 aa  169  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  30.06 
 
 
447 aa  164  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  33.91 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 
291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  32.23 
 
 
531 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  28.08 
 
 
561 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  30.31 
 
 
297 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  24.92 
 
 
311 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  28.51 
 
 
328 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  26.81 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 
349 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  27.64 
 
 
302 aa  119  9.999999999999999e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  29.52 
 
 
494 aa  117  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.7 
 
 
276 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  27.1 
 
 
534 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  32.62 
 
 
292 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  32.09 
 
 
532 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 
304 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 
360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 
540 aa  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 
279 aa  113  6e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
336 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 
299 aa  113  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 
283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  30 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  24.91 
 
 
334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  35.5 
 
 
269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  31.55 
 
 
563 aa  111  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  28.06 
 
 
322 aa  111  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 
298 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  25.94 
 
 
305 aa  110  8.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  29.33 
 
 
813 aa  109  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 
297 aa  109  9.000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  29.28 
 
 
286 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
538 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.32 
 
 
316 aa  109  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  27.93 
 
 
356 aa  109  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  29.21 
 
 
291 aa  109  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  26.46 
 
 
280 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 
360 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  29.28 
 
 
286 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  30.15 
 
 
279 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  27.96 
 
 
359 aa  108  3e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.31 
 
 
450 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 
449 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 
450 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 
449 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.31 
 
 
450 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.31 
 
 
450 aa  107  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2090  hypothetical protein  32.95 
 
 
301 aa  107  5e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.31 
 
 
450 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  27.49 
 
 
450 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  32.45 
 
 
362 aa  107  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 
286 aa  106  8e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  27.97 
 
 
280 aa  106  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
262 aa  106  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  27.44 
 
 
685 aa  106  9e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  29.25 
 
 
281 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
547 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  27.92 
 
 
295 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 
637 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 
273 aa  105  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 
258 aa  105  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  26.35 
 
 
544 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  25.91 
 
 
322 aa  105  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 
533 aa  104  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 
451 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 
547 aa  104  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 
393 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  27.52 
 
 
275 aa  103  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 
549 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 
549 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  25.68 
 
 
550 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 
549 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 
842 aa  103  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 
266 aa  103  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 
200 aa  103  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 
287 aa  103  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  25.09 
 
 
304 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 
460 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 
860 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 
389 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  27.82 
 
 
270 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
460 aa  103  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>