24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2839 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  100 
 
 		 367 aa  758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  57.66 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  57.92 
 
 		 530 aa  433  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  52.85 
 
 		 375 aa  401  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.09 
 
 		 524 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  34.39 
 
 		 611 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11513  putative alginate lyase  32.7 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.291343  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  30.66 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  31.29 
 
 		 1554 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  36.25 
 
 		 1556 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  30.11 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  31.84 
 
 		 301 aa  52.8  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  23.47 
 
 		 227 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  25.72 
 
 		 222 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  26.55 
 
 		 223 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  26.14 
 
 		 417 aa  46.6  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  22.75 
 
 		 370 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  25.62 
 
 		 231 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  26.39 
 
 		 274 aa  45.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  36.49 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  27.94 
 
 		 240 aa  44.7  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  24.64 
 
 		 223 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  29.01 
 
 		 873 aa  44.3  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  24 
 
 		 222 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>