More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2817 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  100 
 
 
135 aa  267  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.26 
 
 
134 aa  156  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 
136 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.38 
 
 
135 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  45.97 
 
 
136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  43.61 
 
 
135 aa  111  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  42.75 
 
 
135 aa  110  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.7 
 
 
136 aa  104  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.65 
 
 
133 aa  104  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  42.11 
 
 
134 aa  102  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  41.41 
 
 
133 aa  101  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  42.86 
 
 
132 aa  100  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  39.68 
 
 
136 aa  100  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  39.55 
 
 
134 aa  98.2  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 
134 aa  97.8  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
116 aa  97.4  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  36.72 
 
 
143 aa  94.7  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  40 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.09 
 
 
136 aa  91.7  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  38.93 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
139 aa  87.8  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.17 
 
 
134 aa  86.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.32 
 
 
134 aa  84.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  38.46 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
133 aa  84.3  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  84  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.32 
 
 
134 aa  83.6  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.46 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.75 
 
 
134 aa  82  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  34.96 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
142 aa  77  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.52 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.75 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.78 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  32.58 
 
 
141 aa  71.2  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.06 
 
 
137 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
136 aa  67  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
129 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
122 aa  65.5  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.65 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  34.78 
 
 
142 aa  63.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.17 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
141 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  30.17 
 
 
143 aa  62  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
143 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
125 aa  60.8  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  33.6 
 
 
143 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
132 aa  60.5  0.000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  35.59 
 
 
133 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  29.41 
 
 
139 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  29.31 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  28.46 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.06 
 
 
124 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.1 
 
 
135 aa  57.8  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  28.57 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
140 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
133 aa  57.8  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  24.81 
 
 
133 aa  57.8  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
158 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.46 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  29.46 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
134 aa  57  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.34 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.82 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.43 
 
 
143 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  28.69 
 
 
152 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.37 
 
 
137 aa  56.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.5 
 
 
158 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  28.21 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  29.29 
 
 
143 aa  54.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>