More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2709 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  69.42 
 
 
497 aa  684    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  65.24 
 
 
493 aa  647    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  67.28 
 
 
493 aa  647    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  100 
 
 
493 aa  969    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  65.24 
 
 
493 aa  647    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  64.17 
 
 
498 aa  630  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  65.45 
 
 
493 aa  626  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  65.04 
 
 
493 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  64.43 
 
 
501 aa  617  1e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  65.04 
 
 
493 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  65.04 
 
 
493 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  65.04 
 
 
493 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  64.02 
 
 
493 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  64.23 
 
 
493 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0778  transcription elongation factor NusA  64.43 
 
 
493 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311397  normal  0.0634223 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  64.59 
 
 
495 aa  609  1e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  62.73 
 
 
495 aa  608  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  64.39 
 
 
495 aa  608  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  64.39 
 
 
495 aa  607  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1026  NusA antitermination factor  62.15 
 
 
496 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.152945  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2835  transcription elongation factor NusA  62.12 
 
 
499 aa  600  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0457826  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  62.53 
 
 
492 aa  601  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  61.45 
 
 
506 aa  600  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  61.72 
 
 
499 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  61.77 
 
 
498 aa  598  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  62.32 
 
 
492 aa  598  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  61.17 
 
 
495 aa  593  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  62.78 
 
 
501 aa  592  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  61.17 
 
 
495 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1127  transcription elongation factor NusA  61.32 
 
 
499 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000246453  unclonable  0.00000000000839394 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  61.17 
 
 
495 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3418  transcription elongation factor NusA  61.32 
 
 
499 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000438946  hitchhiker  0.000891299 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1006  transcription elongation factor NusA  59.52 
 
 
499 aa  591  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.614883  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3606  transcription elongation factor NusA  62.17 
 
 
495 aa  593  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0209266  normal  0.0368341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  61.12 
 
 
499 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  61.12 
 
 
499 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0989  transcription elongation factor NusA  60.32 
 
 
499 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0722775  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3347  transcription elongation factor NusA  63.03 
 
 
496 aa  594  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3281  transcription elongation factor NusA  61.32 
 
 
499 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000185934  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  62.12 
 
 
499 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0816  NusA antitermination factor  61.65 
 
 
499 aa  591  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.706967  hitchhiker  0.00205757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3562  transcription elongation factor NusA  60.52 
 
 
499 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.490076  decreased coverage  0.000000857333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  60.52 
 
 
499 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  62.35 
 
 
496 aa  588  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1694  NusA antitermination factor  60.97 
 
 
497 aa  590  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3240  transcription elongation factor NusA  61.32 
 
 
499 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.001866  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3477  transcription elongation factor NusA  61.16 
 
 
500 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3545  transcription elongation factor NusA  61.16 
 
 
500 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  64.92 
 
 
497 aa  586  1e-166  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3582  transcription elongation factor NusA  61.16 
 
 
500 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3476  transcription elongation factor NusA  61.16 
 
 
500 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.555068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3644  transcription elongation factor NusA  61.16 
 
 
500 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1122  NusA antitermination factor  58.5 
 
 
495 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3390  transcription elongation factor NusA  59.64 
 
 
499 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000181989  hitchhiker  0.00101946 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  61.24 
 
 
503 aa  581  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2828  transcription elongation factor NusA  61.12 
 
 
499 aa  581  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00193559  hitchhiker  0.00416619 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002608  transcription termination protein NusA  61.37 
 
 
495 aa  580  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000346209  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  58.87 
 
 
499 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0488  transcription elongation factor NusA  60.32 
 
 
502 aa  576  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.573333  normal  0.128624 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  60.84 
 
 
503 aa  577  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3061  transcription elongation factor NusA  60.72 
 
 
499 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000291489  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  60.16 
 
 
495 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0584  transcription elongation factor NusA  60.9 
 
 
509 aa  571  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2202  transcription termination factor NusA  57.68 
 
 
497 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  59.35 
 
 
503 aa  565  1e-160  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0173  transcription elongation factor NusA  59.36 
 
 
495 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  59.35 
 
 
503 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0632  transcription termination factor NusA  55.24 
 
 
495 aa  560  1e-158  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0597  transcription elongation factor NusA  60.16 
 
 
495 aa  555  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.023824  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  60.65 
 
 
491 aa  555  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  60.91 
 
 
503 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  56.62 
 
 
492 aa  550  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0807  transcription elongation factor NusA  60.71 
 
 
509 aa  547  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  56.82 
 
 
495 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  55.51 
 
 
490 aa  534  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0820  transcription elongation factor NusA  56.07 
 
 
493 aa  534  1e-150  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  60.25 
 
 
495 aa  533  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  56.82 
 
 
488 aa  529  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  55.28 
 
 
491 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  54.88 
 
 
491 aa  528  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  55.08 
 
 
491 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  54.99 
 
 
491 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  55.06 
 
 
493 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  55.06 
 
 
493 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  54.49 
 
 
491 aa  514  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  54.38 
 
 
491 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  52.85 
 
 
492 aa  511  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  54.16 
 
 
493 aa  511  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  55.8 
 
 
491 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  55.19 
 
 
491 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  55.6 
 
 
491 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  55.8 
 
 
491 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  55.8 
 
 
491 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  55.4 
 
 
491 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>