More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2652 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
1210 aa  2488    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  35.61 
 
 
1218 aa  652    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  50.61 
 
 
1240 aa  1188    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  32 
 
 
1236 aa  499  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 
892 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34 
 
 
859 aa  160  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 
894 aa  160  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  36.28 
 
 
906 aa  158  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.48 
 
 
998 aa  158  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 
931 aa  158  6e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  35.1 
 
 
927 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  35.42 
 
 
986 aa  154  8.999999999999999e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 
982 aa  154  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 
982 aa  154  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 
1011 aa  150  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 
1097 aa  149  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  36.29 
 
 
1109 aa  149  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
961 aa  148  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 
914 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  34.1 
 
 
967 aa  146  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 
958 aa  145  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 
958 aa  144  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 
1017 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 
990 aa  142  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 
998 aa  141  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  31.75 
 
 
998 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  31.75 
 
 
998 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 
875 aa  140  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  31.75 
 
 
998 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 
934 aa  140  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 
939 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 
939 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  31.46 
 
 
941 aa  139  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  35.63 
 
 
1008 aa  139  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 
994 aa  138  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  30.5 
 
 
836 aa  137  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  30 
 
 
964 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 
875 aa  137  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 
990 aa  137  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
924 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
868 aa  136  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  30.67 
 
 
919 aa  135  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  39.64 
 
 
920 aa  135  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
940 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 
987 aa  134  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 
918 aa  133  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  33 
 
 
993 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 
1013 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  30.07 
 
 
978 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
868 aa  131  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
938 aa  131  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
869 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 
870 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
951 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
951 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 
874 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 
964 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 
929 aa  130  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  31.07 
 
 
312 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
951 aa  129  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  37.8 
 
 
943 aa  129  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 
923 aa  128  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  36.32 
 
 
1012 aa  129  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
994 aa  128  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 
874 aa  127  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 
1007 aa  127  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 
888 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
878 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  29.19 
 
 
940 aa  126  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
878 aa  126  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
878 aa  126  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
926 aa  125  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
878 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 
919 aa  125  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 
874 aa  125  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 
872 aa  125  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 
1036 aa  124  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 
1035 aa  123  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.61 
 
 
992 aa  124  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  29.97 
 
 
942 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 
957 aa  123  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
948 aa  123  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 
915 aa  122  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.91 
 
 
845 aa  122  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 
961 aa  121  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
908 aa  121  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  30.56 
 
 
908 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 
1048 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 
1009 aa  120  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 
911 aa  120  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  33.21 
 
 
968 aa  119  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  30.23 
 
 
908 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
945 aa  119  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 
881 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 
1016 aa  119  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 
887 aa  119  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  30.94 
 
 
944 aa  118  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 
908 aa  118  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 
900 aa  118  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  30.23 
 
 
908 aa  118  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>