244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2485 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  100 
 
 
141 aa  281  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  58.57 
 
 
137 aa  172  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  47.15 
 
 
135 aa  118  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.15 
 
 
135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  45.24 
 
 
136 aa  114  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 
136 aa  105  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.7 
 
 
135 aa  104  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.85 
 
 
136 aa  100  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  40.6 
 
 
134 aa  99.4  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  36.64 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  38.35 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  36.64 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.98 
 
 
140 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  40.6 
 
 
134 aa  93.6  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  37.4 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  35.34 
 
 
136 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.35 
 
 
136 aa  91.7  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.83 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  37.98 
 
 
133 aa  90.5  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  38.52 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.23 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.52 
 
 
134 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  89  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
133 aa  88.6  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
134 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.92 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.92 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.3 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.17 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  32.23 
 
 
143 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  37.59 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
142 aa  72.4  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.39 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.58 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.32 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.66 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.23 
 
 
135 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.12 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  26.12 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
137 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.82 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  30.6 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.33 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.17 
 
 
135 aa  57.4  0.00000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.66 
 
 
145 aa  57.8  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  27.66 
 
 
145 aa  57.8  0.00000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
142 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
135 aa  57  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.58 
 
 
250 aa  57  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
140 aa  56.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  27.94 
 
 
143 aa  56.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
137 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.21 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.7 
 
 
135 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.48 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.85 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.9 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
140 aa  53.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  26.19 
 
 
132 aa  53.5  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.05 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
136 aa  53.5  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0227736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  25.19 
 
 
143 aa  52  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.27 
 
 
122 aa  52  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 
142 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
166 aa  52  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1719  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
184 aa  51.6  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00014535  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.08 
 
 
144 aa  51.2  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
140 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
135 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
141 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
132 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
131 aa  51.2  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  26.72 
 
 
140 aa  50.8  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
144 aa  50.8  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
141 aa  50.8  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.19 
 
 
142 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
135 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.04 
 
 
134 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  25 
 
 
143 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.14 
 
 
143 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.66 
 
 
130 aa  49.7  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.51 
 
 
176 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>