225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2429 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2429  ribonuclease T  100 
 
 		 231 aa  475  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.759564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3895  ribonuclease T  70.65 
 
 		 225 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4158  ribonuclease T  70.15 
 
 		 225 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2506  ribonuclease T  69.86 
 
 		 221 aa  293  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1391  ribonuclease T  66.02 
 
 		 224 aa  291  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.396287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4520  ribonuclease T  65.26 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.02449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1114  ribonuclease T  68.66 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18700  ribonuclease T  66.5 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.145132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1619  ribonuclease T  66.5 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.79735  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14060  ribonuclease T  69.54 
 
 		 202 aa  288  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4327  ribonuclease T  65.58 
 
 		 224 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002938  ribonuclease T  65.28 
 
 		 214 aa  288  7e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000394372  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1126  ribonuclease T  65.58 
 
 		 224 aa  287  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1085  ribonuclease T  69.54 
 
 		 203 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0527  ribonuclease T  65.38 
 
 		 243 aa  279  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000101499  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2128  ribonuclease T  62.22 
 
 		 221 aa  278  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.714224  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1531  ribonuclease T  65.99 
 
 		 222 aa  277  9e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.197134  normal  0.241323 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02991  ribonuclease T  62.96 
 
 		 214 aa  276  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3473  ribonuclease T  60.77 
 
 		 231 aa  268  5.9999999999999995e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  60.56 
 
 		 222 aa  268  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01622  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0540348  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1844  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1729  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1977  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.170755  hitchhiker  0.00113879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1863  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.135732  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2364  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1546  ribonuclease T  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.49714  normal  0.657229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01612  hypothetical protein  61.58 
 
 		 215 aa  267  8e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0578049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2199  ribonuclease T  60.85 
 
 		 226 aa  267  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.595371  hitchhiker  0.00000581969 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2669  ribonuclease T  58.45 
 
 		 223 aa  267  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1778  ribonuclease T  61.84 
 
 		 223 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000746493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1735  ribonuclease T  61.84 
 
 		 223 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000754481  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2545  ribonuclease T  61.84 
 
 		 223 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000125683  hitchhiker  0.0000000175262 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1739  ribonuclease T  61.84 
 
 		 223 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000763816  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2385  ribonuclease T  58.11 
 
 		 223 aa  264  7e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0167921  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1988  ribonuclease T  61.08 
 
 		 215 aa  264  8e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2755  ribonuclease T  62.94 
 
 		 222 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1850  ribonuclease T  60.09 
 
 		 223 aa  263  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000591528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1397  ribonuclease T  59.13 
 
 		 226 aa  263  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2375  ribonuclease T  62.44 
 
 		 222 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000351163  normal  0.329752 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2447  ribonuclease T  62.44 
 
 		 222 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000116461  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1719  ribonuclease T  60 
 
 		 226 aa  261  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00130888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2540  ribonuclease T  62.44 
 
 		 222 aa  261  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2093  ribonuclease T  62.94 
 
 		 258 aa  261  6e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000154544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1794  ribonuclease T  62.5 
 
 		 224 aa  261  6.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.109049  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1759  ribonuclease T  57.55 
 
 		 215 aa  261  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523182  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1868  ribonuclease T  57.55 
 
 		 226 aa  261  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.216303  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2568  ribonuclease T  57.55 
 
 		 226 aa  261  8.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1456  ribonuclease T  61.5 
 
 		 221 aa  260  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.527776  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1687  ribonuclease T  58.49 
 
 		 225 aa  260  1e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2571  ribonuclease T  59.62 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000796721  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1862  ribonuclease T  63.64 
 
 		 221 aa  259  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2268  ribonuclease T  58.69 
 
 		 216 aa  259  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.862019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02742  ribonuclease T  59 
 
 		 210 aa  259  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1544  ribonuclease T  61.81 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.554445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1604  ribonuclease T  61.81 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1740  ribonuclease T  61.81 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00194443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1531  ribonuclease T  61.81 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.81711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1909  ribonuclease T  61.81 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2458  ribonuclease T  59.2 
 
 		 216 aa  255  4e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.802877  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0501  ribonuclease T  59.69 
 
 		 218 aa  253  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1600  ribonuclease T  59.43 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000738709  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1399  ribonuclease T  58.21 
 
 		 211 aa  248  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415119  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1520  ribonuclease T  59.39 
 
 		 257 aa  248  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0577175  normal  0.681349 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0085  ribonuclease T  58.67 
 
 		 218 aa  242  3e-63  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.169544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2450  ribonuclease T  58.38 
 
 		 207 aa  241  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299626  normal  0.086285 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2077  ribonuclease T  57.58 
 
 		 209 aa  241  7e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0728  ribonuclease T  56.87 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0350  ribonuclease T  54.98 
 
 		 228 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42903 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1302  ribonuclease T  59.79 
 
 		 194 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0597  ribonuclease T  54.55 
 
 		 207 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0238382  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1351  ribonuclease T  52.71 
 
 		 210 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0135397  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1287  ribonuclease T  52.71 
 
 		 210 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1661  ribonuclease T  52.83 
 
 		 274 aa  216  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1633  ribonuclease T  54.08 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000360038  hitchhiker  0.000696557 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1866  ribonuclease T  54.08 
 
 		 246 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00131644  normal  0.0390394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00538  ribonuclease T  52.91 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0528077  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2894  ribonuclease T  52.08 
 
 		 207 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3036  ribonuclease T  52.08 
 
 		 207 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0300  ribonuclease T  51.06 
 
 		 224 aa  194  7e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0645  ribonuclease T  52.28 
 
 		 241 aa  194  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.677543  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0427  ribonuclease T  54.69 
 
 		 201 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0923721  hitchhiker  0.000000000415989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0251  ribonuclease T  54.69 
 
 		 201 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  34.38 
 
 		 1402 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  30.27 
 
 		 1433 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  32.09 
 
 		 954 aa  61.2  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.19 
 
 		 970 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.8  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.73 
 
 		 1433 aa  59.7  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl288  DNA polymerase III alpha subunit  27.09 
 
 		 1493 aa  60.1  0.00000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  29.69 
 
 		 1438 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  29.69 
 
 		 1438 aa  60.1  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>