More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2405 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2405  electron transport complex RsxE subunit  100 
 
 
236 aa  470  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.561649  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1540  electron transport complex RsxE subunit  69.49 
 
 
255 aa  335  2.9999999999999997e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.174651 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0933  electron transport complex RsxE subunit  68.09 
 
 
238 aa  314  8e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19220  electron transport complex RsxE subunit  63.52 
 
 
237 aa  298  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1399  electron transport complex RsxE subunit  64.68 
 
 
235 aa  292  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.402341 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18890  electron transport complex RsxE subunit  63.52 
 
 
238 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0559311  normal  0.0454317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2631  electron transport complex RsxE subunit  60.71 
 
 
228 aa  278  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.854749  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02734  NADH-ubiquinone oxidoreductase  59.83 
 
 
230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1867  electron transport complex RsxE subunit  57.27 
 
 
228 aa  263  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.806608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2071  electron transport complex RsxE subunit  56.33 
 
 
232 aa  261  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2970  electron transport complex RsxE subunit  56.84 
 
 
232 aa  260  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02969  electron transport complex RsxE subunit  57.21 
 
 
230 aa  259  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0533  electron transport complex RsxE subunit  56.47 
 
 
230 aa  259  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000076694  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2278  electron transport complex RsxE subunit  55.04 
 
 
232 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0316323  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2194  electron transport complex RsxE subunit  57.94 
 
 
263 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.350589  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2107  electron transport complex RsxE subunit  55.04 
 
 
232 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257161  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2060  electron transport complex RsxE subunit  55.04 
 
 
232 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000214893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2264  electron transport complex RsxE subunit  55.04 
 
 
232 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000442718  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4550  electron transport complex RsxE subunit  55.04 
 
 
232 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1868  electron transport complex RsxE subunit  56.96 
 
 
231 aa  256  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002944  electron transport complex protein RnfE  56.77 
 
 
230 aa  256  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0179212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1635  electron transport complex RsxE subunit  63.68 
 
 
239 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2898  electron transport complex RsxE subunit  56.52 
 
 
233 aa  254  9e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.594329  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2561  electron transport complex RsxE subunit  56.96 
 
 
232 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.428281  normal  0.0236645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2069  electron transport complex RsxE subunit  55.13 
 
 
232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00102029  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1906  electron transport complex RsxE subunit  55.13 
 
 
232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2173  electron transport complex RsxE subunit  55.13 
 
 
232 aa  252  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.303807  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2513  electron transport complex RsxE subunit  54.27 
 
 
232 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1845  electron transport complex RsxE subunit  54.27 
 
 
232 aa  251  7e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000056167  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1835  electron transport complex RsxE subunit  56.22 
 
 
232 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.521191  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1031  electron transport complex RsxE subunit  58.04 
 
 
243 aa  250  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000559383  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2039  electron transport complex RsxE subunit  59.45 
 
 
236 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2177  electron transport complex RsxE subunit  55.27 
 
 
231 aa  248  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.206237  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1170  electron transport complex RsxE subunit  59.91 
 
 
236 aa  248  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2358  electron transport complex RsxE subunit  58.6 
 
 
231 aa  248  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.949569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0733  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  55.66 
 
 
230 aa  246  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22975  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1795  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  51.74 
 
 
230 aa  237  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.680327  hitchhiker  0.000244527 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2020  electron transport complex RsxE subunit  52 
 
 
235 aa  230  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1064  electron transport complex RsxE subunit  54.59 
 
 
218 aa  229  3e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0737938  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0811  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  59.26 
 
 
228 aa  229  4e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.586167  normal  0.660499 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2320  electron transport complex RsxE subunit  55.88 
 
 
235 aa  225  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2159  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  51.1 
 
 
230 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2012  electron transport complex RsxE subunit  52.47 
 
 
233 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00017811  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1900  electron transport complex RsxE subunit  52.47 
 
 
233 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000164726  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2248  electron transport complex RsxE subunit  52.47 
 
 
233 aa  223  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000887941  normal  0.482499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3237  electron transport complex RsxE subunit  50.89 
 
 
239 aa  221  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.205198  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2020  electron transport complex RsxE subunit  55.71 
 
 
225 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.644587  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2235  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1921  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  50.67 
 
 
231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0723  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  55.92 
 
 
214 aa  211  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12428  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2819  electron transport complex RsxE subunit  48.58 
 
 
228 aa  210  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3197  electron transport complex RsxE subunit  47.75 
 
 
244 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.113387  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3197  electron transport complex RsxE subunit  47.89 
 
 
244 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.0099576  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3936  electron transport complex RsxE subunit  47.89 
 
 
244 aa  209  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.000255424  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1782  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  48.87 
 
 
231 aa  206  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0082  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  48.37 
 
 
216 aa  205  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0420224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0288  electron transport complex RsxE subunit  49.31 
 
 
231 aa  205  5e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.285665  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1816  electron transport complex RsxE subunit  49.34 
 
 
228 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0219521  decreased coverage  0.000344211 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1564  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
230 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.257712  normal  0.0772811 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1720  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
230 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.208116  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1624  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
230 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.827404  normal  0.350823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1552  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
230 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1888  electron transport complex RsxE subunit  50.22 
 
 
230 aa  198  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1841  electron transport complex RsxE subunit  49.77 
 
 
231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000217086  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2344  electron transport complex RsxE subunit  49.77 
 
 
231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00490465  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1821  electron transport complex RsxE subunit  49.77 
 
 
231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.8848  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1567  electron transport complex RsxE subunit  49.77 
 
 
231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.276457  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1158  electron transport complex RsxE subunit  46.43 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0685  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  45.49 
 
 
222 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.360116  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50930  Electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  46.45 
 
 
238 aa  195  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000773379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01602  NADH-ubiquinone oxidoreductase  50.7 
 
 
231 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00455055  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2009  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  50.7 
 
 
231 aa  193  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00206921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1708  electron transport complex RsxE subunit  50.7 
 
 
231 aa  193  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0245386  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1997  electron transport complex RsxE subunit  50.7 
 
 
231 aa  193  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0507177  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01592  hypothetical protein  50.7 
 
 
231 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00529631  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1084  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  48.53 
 
 
205 aa  192  5e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0652551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0260  electron transport complex RsxE subunit  51.26 
 
 
202 aa  191  8e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0701  electron transport complex RsxE subunit  45.41 
 
 
200 aa  189  4e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.647588  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0677  electron transport complex RsxE subunit  44.95 
 
 
200 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1490  electron transport complex RsxE subunit  45.41 
 
 
224 aa  187  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2994  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  46.51 
 
 
226 aa  186  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1158  electron transport complex RsxE subunit  49.03 
 
 
200 aa  180  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.252127 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2827  electron transport complex RsxE subunit  48.5 
 
 
200 aa  179  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.357177  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0497  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  46.45 
 
 
206 aa  178  5.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000269706  hitchhiker  0.000180019 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0548  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  44.29 
 
 
219 aa  177  1e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  7.614250000000001e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1319  electron transport complex RsxE subunit  43.52 
 
 
222 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.175799  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1532  electron transport complex RsxE subunit  45.71 
 
 
201 aa  174  8e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0221423  normal  0.971288 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0390  electron transport complex RsxE subunit  43.75 
 
 
217 aa  174  9e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0345  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  47.09 
 
 
239 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0307  electron transport complex RsxE subunit  45.33 
 
 
196 aa  173  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1313  electron transport complex RsxE subunit  46.34 
 
 
200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.860019  normal  0.240269 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0584  electron transport complex RsxE subunit  40.69 
 
 
224 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0214  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  45.37 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000178696  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1241  electron transport complex RsxE subunit  40.83 
 
 
225 aa  171  9e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0519  electron transport complex RsxE subunit  41.23 
 
 
223 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0985  electron transport complex RsxE subunit  48.78 
 
 
201 aa  169  5e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.675434  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0696  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  41.23 
 
 
235 aa  169  5e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.682533  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2433  electron transport complex, RnfABCDGE type, E subunit  44.29 
 
 
218 aa  168  6e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000109684  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1574  electron transport complex RsxE subunit  43.52 
 
 
204 aa  167  1e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0333623  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0531  RnfA-Nqr electron transport subunit  43.78 
 
 
203 aa  167  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>