74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2250 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  100 
 
 		 224 aa  448  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  34.4 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  34.4 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  42.14 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1068  anti sigma-E protein, RseA  36.32 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4293  anti sigma-E protein, RseA  35.87 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479918  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1428  anti sigma-E protein, RseA  35.87 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4379  anti sigma-E protein, RseA  35.87 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13700  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  34.84 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1363  anti sigma-E protein, RseA  35.75 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.54 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.54 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.54 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.54 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.54 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1468  anti sigma-E protein, RseA  35.02 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0143523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.29 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  35 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  35.71 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  32.88 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  35.61 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.83 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  33.07 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  37.72 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  35.59 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  42.31 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  33.75 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.83 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.83 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  33.75 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  33.75 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.83 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  34.38 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3957  anti sigma-E protein RseA, N-terminal:anti sigma-E protein RseA, C-terminal  35.75 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  33.33 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.07 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4223  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  35.75 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  31.87 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01712  regulatory protein  40.74 
 
 		 296 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.586508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.23 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  42.5 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  27.22 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.08 
 
 		 217 aa  52  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  33.62 
 
 		 205 aa  52  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  38.6 
 
 		 200 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  31.93 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  28.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  28.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  28.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  28.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  41.89 
 
 		 198 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2262  anti sigma-E protein, RseA  30.84 
 
 		 188 aa  49.3  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304895  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  41.18 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  41.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  43.75 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  43.75 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  36.23 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  43.75 
 
 		 200 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  36.84 
 
 		 179 aa  46.2  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  32.71 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  42.86 
 
 		 200 aa  43.9  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  31.2 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  35.37 
 
 		 233 aa  42.7  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  24.62 
 
 		 233 aa  42.4  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>