More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2078 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  100 
 
 		 270 aa  538  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  54.48 
 
 		 267 aa  293  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  53.73 
 
 		 265 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  51.85 
 
 		 270 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  52.96 
 
 		 273 aa  279  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  50.75 
 
 		 265 aa  279  4e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  54.1 
 
 		 266 aa  277  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  51.12 
 
 		 265 aa  276  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  50.75 
 
 		 265 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  51.31 
 
 		 271 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  48.51 
 
 		 268 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  53.33 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  50.74 
 
 		 265 aa  275  6e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  52.04 
 
 		 273 aa  275  6e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 271 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 271 aa  275  7e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  51.87 
 
 		 271 aa  273  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1158  tryptophan synthase, alpha subunit  49.26 
 
 		 276 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.814053  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2135  tryptophan synthase subunit alpha  49.63 
 
 		 265 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.192647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  51.5 
 
 		 272 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  49.44 
 
 		 268 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6840  tryptophan synthase subunit alpha  52.59 
 
 		 270 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.76658  normal  0.863565 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1237  tryptophan synthase subunit alpha  51.48 
 
 		 274 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.763489 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4376  tryptophan synthase subunit alpha  52.04 
 
 		 271 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0804  tryptophan synthase, alpha subunit  49.81 
 
 		 272 aa  264  1e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.28241  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1911  tryptophan synthase subunit alpha  52.1 
 
 		 279 aa  264  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.293474  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  51.85 
 
 		 271 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1268  tryptophan synthase subunit alpha  52.1 
 
 		 272 aa  262  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2304  tryptophan synthase subunit alpha  52.61 
 
 		 265 aa  262  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0468  tryptophan synthase subunit alpha  47.79 
 
 		 272 aa  262  4.999999999999999e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.270777  normal  0.54371 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1269  tryptophan synthase subunit alpha  51.68 
 
 		 272 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  56.12 
 
 		 277 aa  260  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0433  tryptophan synthase subunit alpha  48.91 
 
 		 278 aa  259  3e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4407  tryptophan synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 271 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3960  tryptophan synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 271 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0955296 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3568  tryptophan synthase subunit alpha  52.06 
 
 		 271 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  51.67 
 
 		 268 aa  258  9e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1683  tryptophan synthase subunit alpha  48.33 
 
 		 271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  49.07 
 
 		 275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000897023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0729  tryptophan synthase subunit alpha  47.96 
 
 		 268 aa  253  3e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  47.96 
 
 		 268 aa  253  3e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1414  tryptophan synthase subunit alpha  48.16 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1803  tryptophan synthase, alpha subunit  47.94 
 
 		 273 aa  248  7e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  47.65 
 
 		 272 aa  248  8e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  47.23 
 
 		 285 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1787  tryptophan synthase subunit alpha  46.74 
 
 		 273 aa  246  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0681  tryptophan synthase subunit alpha  50.74 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2305  tryptophan synthase subunit alpha  50.74 
 
 		 271 aa  245  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00651609  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  47.06 
 
 		 269 aa  244  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  50.2 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1860  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.184967  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1719  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0767  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0531  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.185839  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2443  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.196043  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1651  tryptophan synthase subunit alpha  50.37 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3617  tryptophan synthase subunit alpha  47.29 
 
 		 272 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3240  tryptophan synthase subunit alpha  47.06 
 
 		 269 aa  242  3.9999999999999997e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2593  tryptophan synthase subunit alpha  47.06 
 
 		 269 aa  242  3.9999999999999997e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2156  tryptophan synthase subunit alpha  49.63 
 
 		 272 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.156155  normal  0.0897889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  49.01 
 
 		 269 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  50 
 
 		 269 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  48.09 
 
 		 272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  48.09 
 
 		 272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4867  tryptophan synthase subunit alpha  45.77 
 
 		 279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.16502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  47.01 
 
 		 269 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  50.63 
 
 		 278 aa  238  6.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  48.62 
 
 		 269 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  48.62 
 
 		 269 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  47.92 
 
 		 278 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  47.13 
 
 		 279 aa  234  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  46.24 
 
 		 270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  48.16 
 
 		 269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  48.95 
 
 		 278 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  49.6 
 
 		 279 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 279 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  46.13 
 
 		 280 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  46.13 
 
 		 280 aa  232  5e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  48.19 
 
 		 279 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  48.56 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  47.79 
 
 		 279 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  49.37 
 
 		 263 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  46.36 
 
 		 278 aa  228  7e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  47.2 
 
 		 269 aa  228  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  49.17 
 
 		 263 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  49.37 
 
 		 277 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  47.01 
 
 		 278 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  49.17 
 
 		 263 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  47.04 
 
 		 278 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  47.78 
 
 		 275 aa  226  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  45.04 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  47.7 
 
 		 278 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  46.96 
 
 		 267 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  47.93 
 
 		 271 aa  226  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  49.37 
 
 		 272 aa  226  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2841  tryptophan synthase subunit alpha  48.88 
 
 		 269 aa  226  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  43.66 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 278 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01272  tryptophan synthase subunit alpha  48.34 
 
 		 268 aa  225  5.0000000000000005e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  47.72 
 
 		 281 aa  224  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>