More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2071 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2071  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
397 aa  816    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.667467  normal  0.823205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  67.09 
 
 
403 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.5 
 
 
397 aa  548  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.8 
 
 
403 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.25 
 
 
393 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1551  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  67.6 
 
 
407 aa  530  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.75247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.05 
 
 
403 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.03 
 
 
403 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.38 
 
 
397 aa  519  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3810  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.54 
 
 
403 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.31 
 
 
403 aa  515  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  67.36 
 
 
396 aa  514  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.35 
 
 
399 aa  514  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1535  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.27 
 
 
403 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.47488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2001  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.27 
 
 
403 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3760  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.01 
 
 
403 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.192892  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.76 
 
 
403 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.67 
 
 
383 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.31 
 
 
403 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.96 
 
 
392 aa  502  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1268  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.33 
 
 
402 aa  500  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.373712  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.97 
 
 
406 aa  499  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.45 
 
 
395 aa  479  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.95 
 
 
389 aa  477  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.47 
 
 
396 aa  477  1e-133  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.68 
 
 
394 aa  475  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.29 
 
 
404 aa  475  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.29 
 
 
404 aa  475  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.63 
 
 
391 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.22 
 
 
393 aa  468  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1730  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.74 
 
 
434 aa  460  9.999999999999999e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000563319  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.03 
 
 
394 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.46 
 
 
396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.21 
 
 
396 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.95 
 
 
396 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.19 
 
 
404 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.14 
 
 
410 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.46 
 
 
396 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1608  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.46 
 
 
411 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.46 
 
 
396 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.46 
 
 
396 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.95 
 
 
396 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0792  cystathionine gamma-synthase  56.67 
 
 
424 aa  432  1e-120  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145563  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.54 
 
 
423 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.79 
 
 
405 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.79 
 
 
423 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.54 
 
 
405 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.39 
 
 
402 aa  433  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.54 
 
 
423 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1864  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57 
 
 
411 aa  432  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.64 
 
 
410 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.79 
 
 
423 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.39 
 
 
402 aa  431  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.95 
 
 
396 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.95 
 
 
396 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3758  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.22 
 
 
406 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00999725  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0798  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.41 
 
 
422 aa  430  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.40297  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2459  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.78 
 
 
402 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00148709  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.72 
 
 
401 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.71 
 
 
407 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2735  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.85 
 
 
404 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484206  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2225  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.85 
 
 
404 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.833274  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1689  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.56 
 
 
413 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.79324 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.12 
 
 
452 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0722667 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2150  cystathionine gamma-synthase  59.09 
 
 
414 aa  401  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.18 
 
 
396 aa  398  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1998  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.56 
 
 
409 aa  390  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.469724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1942  cystathionine gamma-synthase  49.87 
 
 
396 aa  382  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00385575  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  46.04 
 
 
388 aa  377  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2639  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  45.55 
 
 
391 aa  369  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19570  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  45.1 
 
 
397 aa  366  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.82 
 
 
406 aa  363  2e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3214  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.92 
 
 
413 aa  363  4e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1496  cystathionine gamma-lyase  43.96 
 
 
390 aa  359  4e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.34 
 
 
397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3732  Cystathionine gamma-lyase  46.72 
 
 
393 aa  354  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3645  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.13 
 
 
402 aa  352  8e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.21 
 
 
400 aa  351  1e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0098  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.19 
 
 
396 aa  352  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3860  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.13 
 
 
402 aa  351  1e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.55 
 
 
422 aa  350  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.09 
 
 
403 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.34 
 
 
408 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1854  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.6 
 
 
397 aa  348  7e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  decreased coverage  0.00243487 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0791  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.07 
 
 
408 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_004310  BR0305  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.97 
 
 
398 aa  346  4e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226958  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0318  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.19 
 
 
401 aa  346  4e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1699  Methionine gamma-lyase  45.6 
 
 
402 aa  345  5e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.19062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.92 
 
 
402 aa  345  6e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35030  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.76 
 
 
417 aa  345  7e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1938  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.91 
 
 
395 aa  345  8.999999999999999e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0398  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.21 
 
 
397 aa  344  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2947  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.42 
 
 
419 aa  345  1e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0513  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.88 
 
 
410 aa  342  5e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.047245  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2410  trans-sulfuration enzyme family protein  45.6 
 
 
392 aa  342  9e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.88 
 
 
406 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  45.43 
 
 
414 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0500  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.31 
 
 
393 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.960396  normal  0.966435 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2393  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.7 
 
 
404 aa  339  5e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.168744  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1851  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.05 
 
 
404 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>