More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1995 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1995  exonuclease III  100 
 
 		 272 aa  571  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.297958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2692  exonuclease III  62.73 
 
 		 270 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31650  exonuclease III  62.36 
 
 		 270 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2890  exonuclease III  60.52 
 
 		 270 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00987023  normal  0.852311 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2436  exonuclease III  62.36 
 
 		 270 aa  359  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.677359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2800  exonuclease III  60.15 
 
 		 270 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1490  exodeoxyribonuclease III  61.4 
 
 		 270 aa  355  5.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2747  exodeoxyribonuclease III  60.52 
 
 		 270 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0614534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2393  exonuclease III  60.15 
 
 		 270 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3649  exonuclease III  60.52 
 
 		 270 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2270  exonuclease III  60.52 
 
 		 272 aa  352  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1976  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  351  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000370761  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2340  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  351  5.9999999999999994e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518305  normal  0.0191888 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2085  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  351  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2892  exonuclease III  59.41 
 
 		 270 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0279312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2715  exonuclease III  59.56 
 
 		 268 aa  348  7e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  hitchhiker  0.00098113 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1974  exonuclease III  59.19 
 
 		 272 aa  347  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1539  exonuclease III  58.82 
 
 		 271 aa  346  2e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.493203  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1396  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0639091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1413  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1873  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.991915  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2044  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1513  exonuclease III  59.26 
 
 		 270 aa  345  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00343054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1429  exonuclease III  59.93 
 
 		 268 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2476  exonuclease III  59.41 
 
 		 270 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.1362  normal  0.165238 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1447  exonuclease III  59.63 
 
 		 270 aa  345  5e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3037  exonuclease III  59.26 
 
 		 270 aa  343  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02430  exodeoxyribonuclease III  59.26 
 
 		 269 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1503  exonuclease III  59.63 
 
 		 270 aa  343  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1893  exodeoxyribonuclease III  59.63 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0788201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1883  exonuclease III  59.63 
 
 		 272 aa  342  4e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01718  exonuclease III  59.63 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2468  exonuclease III  59.26 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.906333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1441  exonuclease III  59.26 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.377201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1997  exonuclease III  59.63 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.892579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1833  exonuclease III  59.63 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01706  hypothetical protein  59.63 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1972  exonuclease III  59.63 
 
 		 268 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1637  exonuclease III  57.41 
 
 		 270 aa  341  8e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00257363  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2379  exonuclease III  56.62 
 
 		 276 aa  340  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.88562e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2648  exodeoxyribonuclease III  59.26 
 
 		 269 aa  339  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1695  exonuclease III  58.09 
 
 		 268 aa  338  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2262  exonuclease III  58.52 
 
 		 269 aa  338  5e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000598983  normal  0.0890605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28880  exonuclease III  57.04 
 
 		 270 aa  338  7e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.734088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2206  exodeoxyribonuclease III  56.62 
 
 		 268 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1964  exodeoxyribonuclease III  58.46 
 
 		 268 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2816  exonuclease III  58.15 
 
 		 270 aa  335  5e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000137718  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2737  exonuclease III  58.15 
 
 		 270 aa  335  5e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000050651  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2715  exonuclease III  58.15 
 
 		 270 aa  335  5e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000224276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1649  exonuclease III  58.15 
 
 		 270 aa  335  5e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000202985  hitchhiker  0.0000000000656111 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2052  exonuclease III  58.46 
 
 		 273 aa  335  7e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169666  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003967  exodeoxyribonuclease III  58.89 
 
 		 268 aa  334  7.999999999999999e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000103891  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3173  exonuclease III  56.83 
 
 		 268 aa  333  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2418  exonuclease III  57.04 
 
 		 270 aa  333  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234508  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1465  exonuclease III  56.99 
 
 		 269 aa  333  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00148193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1451  exonuclease III  58.52 
 
 		 268 aa  332  3e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000170984  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1621  exodeoxyribonuclease III  55.35 
 
 		 276 aa  331  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000939978  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2366  exodeoxyribonuclease III  56.99 
 
 		 289 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.762147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1319  exodeoxyribonuclease III  56.83 
 
 		 269 aa  329  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1668  exonuclease III  56.67 
 
 		 268 aa  328  8e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000408122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2927  exonuclease III  57.04 
 
 		 268 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00530845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1638  exonuclease III  56.46 
 
 		 268 aa  326  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01553  exonuclease III  57.04 
 
 		 268 aa  324  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0836  exonuclease III  57.04 
 
 		 267 aa  323  1e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.337185  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1420  exonuclease III  55.35 
 
 		 268 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.608481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1962  exonuclease III  55.19 
 
 		 268 aa  312  3.9999999999999997e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.134155  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2139  exodeoxyribonuclease III  58.15 
 
 		 268 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1192  exonuclease III  56.09 
 
 		 274 aa  306  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166558  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1199  exonuclease III  55.72 
 
 		 274 aa  303  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.712214  normal  0.0221694 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1258  exonuclease III  53.9 
 
 		 271 aa  295  4e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000275406  normal  0.0123433 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  40.51 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  35.29 
 
 		 263 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  36.03 
 
 		 266 aa  162  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  38.1 
 
 		 267 aa  162  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  39.85 
 
 		 258 aa  162  8.000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  35.66 
 
 		 266 aa  161  9e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  36.67 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  36.86 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  35.64 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.56 
 
 		 276 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  37.13 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  37.13 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  38.24 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  33.7 
 
 		 261 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  36.06 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  37.36 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  35.29 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.93 
 
 		 267 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  33.09 
 
 		 265 aa  151  8.999999999999999e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  36.53 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  36.03 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  35.16 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  35.93 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 		 263 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  34.93 
 
 		 256 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  34.93 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 259 aa  148  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  34.2 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  34.19 
 
 		 262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>