More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1789 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  437  1e-122  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  49.27 
 
 
219 aa  191  9e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  47.55 
 
 
235 aa  188  6e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
235 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
235 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
235 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  46.08 
 
 
238 aa  183  2e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  46.27 
 
 
233 aa  181  5e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  45.59 
 
 
238 aa  181  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
235 aa  181  8e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  47.57 
 
 
233 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  47 
 
 
225 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
235 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  42.52 
 
 
239 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
212 aa  151  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  41.23 
 
 
213 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
211 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  39.62 
 
 
214 aa  147  1e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  9.3152e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
228 aa  147  1e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
213 aa  146  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
215 aa  146  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
212 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
212 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
212 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
239 aa  144  7e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
211 aa  144  7e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
212 aa  144  8e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
212 aa  144  8e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  39.61 
 
 
212 aa  144  8e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  39.61 
 
 
227 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
212 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
215 aa  138  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
224 aa  132  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  35 
 
 
207 aa  129  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
229 aa  126  2e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  35.5 
 
 
208 aa  126  2e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  34.5 
 
 
214 aa  125  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
238 aa  116  2e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  36.13 
 
 
210 aa  112  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  36.13 
 
 
210 aa  112  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
222 aa  108  8e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
234 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
317 aa  99.4  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0804  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 
227 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
318 aa  95.5  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
316 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
316 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
318 aa  95.5  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
318 aa  95.5  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
316 aa  95.5  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
318 aa  95.5  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
295 aa  94.7  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 
288 aa  92.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
276 aa  92  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
272 aa  91.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
290 aa  92  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
272 aa  91.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
273 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
273 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
273 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
273 aa  90.9  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3446  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
335 aa  90.9  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843948  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  34.68 
 
 
340 aa  89.4  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 
354 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3595  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
313 aa  89.4  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
223 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 
352 aa  87.8  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0666  transcriptional regulator  33.66 
 
 
205 aa  87.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
220 aa  85.9  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
221 aa  83.2  3e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5299  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
227 aa  82.4  4e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
209 aa  75.5  5e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  3.22137e-05 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
218 aa  75.5  5e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
227 aa  75.1  7e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
220 aa  73.2  3e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0212  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
242 aa  72.4  4e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581109  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  30.3 
 
 
221 aa  72  5e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4645  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
224 aa  68.6  7e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
207 aa  67  2e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
227 aa  66.6  2e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
239 aa  64.7  9e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
216 aa  62  5e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  31.03 
 
 
238 aa  60.1  2e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
233 aa  60.1  2e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
225 aa  58.2  9e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
218 aa  57  2e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
204 aa  57  2e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
291 aa  57  2e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2710  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 
231 aa  57.4  2e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324102  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2679  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 
210 aa  57  2e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569392  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
247 aa  56.6  3e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 
225 aa  56.6  3e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
200 aa  56.6  3e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
209 aa  55.8  4e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  52 
 
 
258 aa  55.8  5e-07  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
222 aa  55.8  5e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 
219 aa  55.5  5e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
219 aa  55.8  5e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 
235 aa  54.7  9e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>