More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1768 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  465  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  39.37 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  39.09 
 
 		 228 aa  161  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 228 aa  161  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  39.82 
 
 		 277 aa  161  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 226 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  40.93 
 
 		 234 aa  157  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 244 aa  151  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  38.57 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 228 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 238 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 238 aa  144  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  37.93 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 265 aa  143  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  35.48 
 
 		 257 aa  142  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  37.21 
 
 		 242 aa  142  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  33.93 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 241 aa  141  8e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 257 aa  139  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 228 aa  138  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 241 aa  138  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  33.04 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 241 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  35.32 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 261 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 240 aa  128  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 264 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 239 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 265 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 230 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 284 aa  119  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 232 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 225 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  38.28 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 238 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0843233  normal  0.231576 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 230 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 235 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 216 aa  101  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.49 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>