270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1735 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  682    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  42.67 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  41.72 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  40.13 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  40 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  35.83 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  44.74 
 
 		 286 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  40.13 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  33.48 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  38.82 
 
 		 224 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  39.47 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  36.76 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  40.13 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  40.4 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  29.73 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  40 
 
 		 290 aa  100  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  38.85 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  38.82 
 
 		 295 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  40.56 
 
 		 286 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  35.75 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  37.25 
 
 		 280 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  33.87 
 
 		 280 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  41.96 
 
 		 278 aa  97.4  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  32.8 
 
 		 280 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  38.37 
 
 		 283 aa  97.1  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 281 aa  96.7  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  39.58 
 
 		 280 aa  96.3  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  33.19 
 
 		 280 aa  95.9  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  32.92 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  40 
 
 		 286 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  34.45 
 
 		 280 aa  94  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  35.58 
 
 		 278 aa  93.6  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  32.45 
 
 		 281 aa  93.2  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  32.45 
 
 		 281 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  36.27 
 
 		 278 aa  92.8  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  37.84 
 
 		 281 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  31.65 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  39.86 
 
 		 281 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  36.2 
 
 		 285 aa  87  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  42.14 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  40 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  40 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  41.35 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  33.78 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  40.58 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  35.92 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  35.92 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  35.92 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  35.71 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  34.42 
 
 		 365 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  34.29 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  34.9 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  26.26 
 
 		 519 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  28.38 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  34.01 
 
 		 569 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  29.83 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.94 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  29.67 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.33 
 
 		 554 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  29.56 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  36 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  28.28 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  30.17 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  31.07 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  31.36 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  32.81 
 
 		 231 aa  65.9  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  32.85 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.05 
 
 		 371 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  30.07 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  28.66 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.33 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  33.56 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  34.29 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  29.59 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31.85 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.51 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.51 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  31.51 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  28.28 
 
 		 486 aa  62.4  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  29.61 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  30.61 
 
 		 513 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 511 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.39 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  25.4 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>