More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1578 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1578  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 182 aa  367  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 		 183 aa  256  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 		 183 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 		 183 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 		 177 aa  254  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  73.53 
 
 		 177 aa  249  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  75.6 
 
 		 177 aa  248  4e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  73.21 
 
 		 177 aa  243  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  73.21 
 
 		 177 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  72.94 
 
 		 177 aa  240  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2379  translation initiation factor IF-3  72.94 
 
 		 177 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0845211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2163  translation initiation factor IF-3  72.94 
 
 		 177 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000118732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2596  translation initiation factor IF-3  70.79 
 
 		 177 aa  227  9e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000880416  hitchhiker  0.000575086 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  65.64 
 
 		 163 aa  223  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  59.2 
 
 		 178 aa  214  5.9999999999999996e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  59.2 
 
 		 178 aa  214  8e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  55 
 
 		 182 aa  209  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  58.24 
 
 		 173 aa  205  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  60.26 
 
 		 156 aa  205  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  62.99 
 
 		 155 aa  204  4e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  57.49 
 
 		 172 aa  203  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1952  translation initiation factor IF-3  63.41 
 
 		 180 aa  202  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.26259  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  56.74 
 
 		 190 aa  202  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  57.93 
 
 		 166 aa  201  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  56.21 
 
 		 178 aa  201  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2052  translation initiation factor IF-3  62.8 
 
 		 180 aa  200  8e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0593383  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  60.25 
 
 		 169 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  59.74 
 
 		 184 aa  198  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 		 180 aa  196  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2181  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0268784  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1889  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  195  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000676935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  195  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  61.59 
 
 		 180 aa  195  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  59.62 
 
 		 156 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  57.4 
 
 		 173 aa  194  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  59.74 
 
 		 159 aa  192  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  59.46 
 
 		 153 aa  191  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  58.33 
 
 		 156 aa  191  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1713  translation initiation factor IF-3  60.48 
 
 		 183 aa  190  8e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000356147  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1141  initiation factor 3  66.45 
 
 		 152 aa  190  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116617  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0471  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 		 171 aa  190  1e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.973019  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  57.69 
 
 		 156 aa  189  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  54.49 
 
 		 202 aa  190  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  52.35 
 
 		 194 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2031  translation initiation factor IF-3  64.15 
 
 		 173 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250222  hitchhiker  0.0000245728 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  59.09 
 
 		 154 aa  189  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  52.94 
 
 		 194 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  52.94 
 
 		 194 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2490  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  187  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000196048  hitchhiker  0.0000835818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2262  translation initiation factor IF-3  63.87 
 
 		 158 aa  187  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000757605  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  59.01 
 
 		 169 aa  186  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  54.72 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2221  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103984  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2498  translation initiation factor IF-3  61.44 
 
 		 154 aa  186  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00683377  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  63.01 
 
 		 146 aa  186  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2185  translation initiation factor IF-3  61.59 
 
 		 180 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000180897  normal  0.0386823 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2908  translation initiation factor IF-3  57.42 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  53.46 
 
 		 174 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  53.46 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0877  translation initiation factor IF-3  63.69 
 
 		 159 aa  182  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000348215  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0913  translation initiation factor IF-3  59.52 
 
 		 172 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  52.83 
 
 		 173 aa  181  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2099  translation initiation factor 3  54.82 
 
 		 167 aa  179  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000973621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2418  translation initiation factor IF-3  54.82 
 
 		 167 aa  179  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000103709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1766  translation initiation factor IF-3  66.22 
 
 		 150 aa  179  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000229466  normal  0.021725 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2060  initiation factor 3  71.64 
 
 		 134 aa  178  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  51.43 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  51.95 
 
 		 181 aa  177  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1887  translation initiation factor 3  55.97 
 
 		 160 aa  177  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.729735  normal  0.011077 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2137  translation initiation factor IF-3  53.61 
 
 		 167 aa  177  8e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194801  hitchhiker  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 		 169 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 		 175 aa  175  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4615  translation initiation factor IF-3  49.72 
 
 		 205 aa  175  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.550189  hitchhiker  0.00733617 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  49.43 
 
 		 227 aa  174  5e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02484  Translation initiation factor 3  62.94 
 
 		 144 aa  173  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00212518  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 174 aa  173  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  54.86 
 
 		 147 aa  173  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1759  translation initiation factor IF-3  58.13 
 
 		 183 aa  172  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00206313  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  56.52 
 
 		 173 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 		 204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1449  translation initiation factor IF-3  53.46 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>