278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1508 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 958 aa  1959    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  47.69 
 
 		 993 aa  847    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  47.71 
 
 		 994 aa  863    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 880 aa  317  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 894 aa  278  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 892 aa  271  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 961 aa  269  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.34 
 
 		 968 aa  265  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 870 aa  258  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.18 
 
 		 878 aa  257  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.29 
 
 		 878 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.47 
 
 		 878 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 1009 aa  255  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 922 aa  254  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.36 
 
 		 878 aa  254  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 869 aa  250  8e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 976 aa  249  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 978 aa  249  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  26.01 
 
 		 959 aa  244  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 900 aa  243  9e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 950 aa  241  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  27.3 
 
 		 940 aa  238  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.72 
 
 		 941 aa  238  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 1097 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 958 aa  235  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 914 aa  234  8.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 940 aa  234  9e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 939 aa  233  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 939 aa  232  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.86 
 
 		 960 aa  230  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 874 aa  227  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.49 
 
 		 942 aa  226  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 1007 aa  224  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 988 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 984 aa  223  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 836 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 888 aa  222  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 918 aa  222  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 988 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 874 aa  220  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.01 
 
 		 836 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 1010 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 845 aa  212  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.42 
 
 		 954 aa  211  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  25.34 
 
 		 906 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 944 aa  204  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 920 aa  199  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 933 aa  197  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 944 aa  192  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 908 aa  191  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 885 aa  188  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 938 aa  186  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 853 aa  186  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 921 aa  186  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 904 aa  184  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  24.15 
 
 		 1013 aa  183  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 967 aa  181  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 902 aa  177  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 984 aa  177  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 945 aa  176  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.31 
 
 		 970 aa  170  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 859 aa  169  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 963 aa  167  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 1074 aa  167  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  43.96 
 
 		 1012 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  22.65 
 
 		 1046 aa  165  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 918 aa  164  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  35.46 
 
 		 927 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 936 aa  160  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  35.99 
 
 		 1083 aa  159  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.31 
 
 		 992 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 936 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 		 875 aa  158  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 906 aa  157  8e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  35.24 
 
 		 927 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  39.29 
 
 		 1158 aa  155  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 882 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 934 aa  155  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  36.19 
 
 		 945 aa  153  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 915 aa  152  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 887 aa  151  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 868 aa  150  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.47 
 
 		 1109 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 868 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 881 aa  148  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 1013 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 		 874 aa  146  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 		 887 aa  146  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  32.43 
 
 		 986 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  35.02 
 
 		 1210 aa  144  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 		 892 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 880 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 875 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 908 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 1017 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 1016 aa  142  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 601 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 951 aa  140  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 951 aa  140  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  36.12 
 
 		 951 aa  140  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>