More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1505 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  562  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 268 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 222 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  35.38 
 
 		 285 aa  85.9  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 262 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  39.5 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  39.5 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  39.5 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  36 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  38.54 
 
 		 247 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  23.17 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  36.84 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  23.51 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  33.33 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  34.65 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  22.31 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5976  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 324 aa  67  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  29.79 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  28.03 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  28.03 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 249 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  30.85 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  30.85 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  36.84 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.96 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  33.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  33.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  33.98 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  34 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  35.42 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  35.42 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  35.42 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  34 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  34 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  34 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  35.42 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  33 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  35.42 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.93 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.93 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>