129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1371 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  100 
 
 		 149 aa  310  2.9999999999999996e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.62 
 
 		 147 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  38.26 
 
 		 150 aa  114  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  36.24 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  36.24 
 
 		 142 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 		 142 aa  110  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  38.26 
 
 		 142 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  37.58 
 
 		 142 aa  104  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  103  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  34.23 
 
 		 142 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  39.86 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  32.21 
 
 		 142 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  32.21 
 
 		 142 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  42.36 
 
 		 139 aa  100  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  30.87 
 
 		 142 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  38.26 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  30.87 
 
 		 142 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.23 
 
 		 143 aa  97.4  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  35.57 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  37.67 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  37.58 
 
 		 140 aa  91.7  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  41.89 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  41.89 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  41.89 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 138 aa  90.9  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  38.51 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  33.33 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  40.54 
 
 		 138 aa  87.8  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  39.86 
 
 		 138 aa  87.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  33.33 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  39.19 
 
 		 138 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  37.33 
 
 		 142 aa  84.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  35.21 
 
 		 152 aa  84.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  37.16 
 
 		 138 aa  84.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  37.33 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  33.56 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  30.14 
 
 		 154 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  38 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  34.23 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.78 
 
 		 146 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  36 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  30.87 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  31.54 
 
 		 146 aa  74.3  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  31.54 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.67 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  29.22 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.08 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.54 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.83 
 
 		 156 aa  66.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  28.38 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  27.27 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.33 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  28.68 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  27.92 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.57 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.49 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.69 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  29.61 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  27.91 
 
 		 147 aa  62  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.49 
 
 		 154 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.21 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.21 
 
 		 156 aa  62  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  34.43 
 
 		 151 aa  61.2  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.51 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  27.91 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.53 
 
 		 176 aa  60.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 160 aa  60.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 160 aa  60.5  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.81 
 
 		 167 aa  60.5  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  27.91 
 
 		 160 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.08 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.53 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.81 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  25.97 
 
 		 147 aa  58.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.74 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.57 
 
 		 163 aa  58.2  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0042  DNA polymerase III, chi subunit  28.66 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.331022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  30.89 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.64 
 
 		 160 aa  57.4  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.71 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>