More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1343 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  100 
 
 		 546 aa  1120    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  41.02 
 
 		 569 aa  363  4e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  39.71 
 
 		 581 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  40.04 
 
 		 539 aa  345  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  39.43 
 
 		 625 aa  341  2e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.15 
 
 		 830 aa  313  3.9999999999999997e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  36.67 
 
 		 594 aa  299  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  33.55 
 
 		 547 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  29.27 
 
 		 500 aa  202  9.999999999999999e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  29.01 
 
 		 537 aa  181  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.61 
 
 		 572 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.03 
 
 		 577 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.97 
 
 		 538 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.99 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.01 
 
 		 561 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.01 
 
 		 561 aa  156  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.95 
 
 		 563 aa  156  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.01 
 
 		 561 aa  156  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.24 
 
 		 562 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  34.5 
 
 		 567 aa  154  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.4 
 
 		 508 aa  154  4e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  28.29 
 
 		 549 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.88 
 
 		 559 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  32.09 
 
 		 560 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  26.82 
 
 		 543 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.88 
 
 		 559 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.68 
 
 		 559 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  25.39 
 
 		 585 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.87 
 
 		 556 aa  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.88 
 
 		 559 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.57 
 
 		 506 aa  150  8e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  32.53 
 
 		 554 aa  149  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  32.54 
 
 		 558 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  31.66 
 
 		 561 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  30.41 
 
 		 544 aa  147  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.76 
 
 		 506 aa  147  6e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  30.61 
 
 		 530 aa  143  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  30.38 
 
 		 609 aa  137  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  28.27 
 
 		 546 aa  137  7.000000000000001e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  29.05 
 
 		 512 aa  136  8e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  25.8 
 
 		 614 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.94 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  28.51 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  25.82 
 
 		 559 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  27.72 
 
 		 569 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  24.74 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  24.74 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  27.27 
 
 		 470 aa  126  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.99 
 
 		 574 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  26.15 
 
 		 463 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  24.55 
 
 		 541 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  30.58 
 
 		 767 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  29.11 
 
 		 803 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.63 
 
 		 781 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 781 aa  107  8e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  28.77 
 
 		 803 aa  106  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  30 
 
 		 833 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  30.85 
 
 		 780 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  29.32 
 
 		 686 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28.89 
 
 		 751 aa  105  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  26.17 
 
 		 810 aa  104  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  28.78 
 
 		 681 aa  103  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.79 
 
 		 641 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 793 aa  102  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.24 
 
 		 745 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  34.62 
 
 		 602 aa  101  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  29.41 
 
 		 774 aa  100  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  26.14 
 
 		 733 aa  99.8  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  28.1 
 
 		 702 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  27.13 
 
 		 803 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  26.94 
 
 		 784 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.25 
 
 		 807 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.99 
 
 		 819 aa  97.1  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.88 
 
 		 805 aa  96.3  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  27.39 
 
 		 751 aa  96.3  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  27.13 
 
 		 804 aa  95.1  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  28.31 
 
 		 703 aa  95.1  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  27.83 
 
 		 736 aa  95.1  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  27.3 
 
 		 787 aa  93.6  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  26.67 
 
 		 794 aa  93.6  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  24.38 
 
 		 870 aa  93.6  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  27.87 
 
 		 801 aa  93.6  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  26.59 
 
 		 779 aa  93.6  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  25.28 
 
 		 728 aa  93.2  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0337  putative outer membrane porin HofQ  23.01 
 
 		 426 aa  93.2  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  25.56 
 
 		 738 aa  93.2  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  26.58 
 
 		 740 aa  92  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  29.06 
 
 		 803 aa  92.4  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  26.72 
 
 		 1421 aa  92.4  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  28.8 
 
 		 915 aa  91.7  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 696 aa  92  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  28.92 
 
 		 422 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 805 aa  91.7  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.12 
 
 		 783 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  26.69 
 
 		 797 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  27.96 
 
 		 789 aa  90.5  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 787 aa  90.5  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  27.3 
 
 		 763 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  26.96 
 
 		 793 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  26.26 
 
 		 717 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>