More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1317 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  100 
 
 		 778 aa  1593    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  26.66 
 
 		 811 aa  280  8e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  26.1 
 
 		 755 aa  270  8e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  26.74 
 
 		 792 aa  265  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  24.03 
 
 		 764 aa  254  4.0000000000000004e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  25.23 
 
 		 764 aa  252  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  25.51 
 
 		 815 aa  252  2e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  26 
 
 		 800 aa  250  8e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  25 
 
 		 779 aa  244  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  24.63 
 
 		 807 aa  231  5e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  24.15 
 
 		 789 aa  225  3e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  25.46 
 
 		 801 aa  219  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  25.9 
 
 		 756 aa  216  9e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.46 
 
 		 837 aa  205  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  24.34 
 
 		 788 aa  199  2.0000000000000003e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  24.63 
 
 		 816 aa  195  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  23.52 
 
 		 825 aa  194  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  24.06 
 
 		 808 aa  194  7e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  25.68 
 
 		 807 aa  189  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  23.48 
 
 		 751 aa  188  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  24.5 
 
 		 821 aa  185  3e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  23.62 
 
 		 815 aa  184  5.0000000000000004e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1083 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  22.37 
 
 		 835 aa  183  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  21.99 
 
 		 1051 aa  182  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  22.11 
 
 		 773 aa  181  4e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.72 
 
 		 831 aa  172  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  23.63 
 
 		 763 aa  170  8e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  24.93 
 
 		 804 aa  169  1e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  22.65 
 
 		 872 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  22.57 
 
 		 806 aa  167  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  22.88 
 
 		 813 aa  161  4e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  21.85 
 
 		 765 aa  160  7e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  26.5 
 
 		 828 aa  160  8e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  21.66 
 
 		 779 aa  159  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  22.35 
 
 		 821 aa  155  2.9999999999999998e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  23.49 
 
 		 803 aa  153  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  22.56 
 
 		 898 aa  149  2.0000000000000003e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  23.32 
 
 		 797 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  21.99 
 
 		 800 aa  138  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  21.29 
 
 		 824 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  24.75 
 
 		 792 aa  134  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  22.1 
 
 		 791 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  20.81 
 
 		 905 aa  130  1.0000000000000001e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  22.62 
 
 		 823 aa  130  1.0000000000000001e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.9 
 
 		 717 aa  129  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  21.32 
 
 		 869 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  21.04 
 
 		 869 aa  128  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  22.52 
 
 		 823 aa  127  8.000000000000001e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  22.18 
 
 		 823 aa  126  1e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  22.47 
 
 		 790 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.33 
 
 		 762 aa  123  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  22.71 
 
 		 799 aa  121  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.18 
 
 		 967 aa  121  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  21.69 
 
 		 808 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  21.29 
 
 		 767 aa  117  6e-25  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  21.19 
 
 		 796 aa  114  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3168  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.42 
 
 		 723 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210013  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  29.93 
 
 		 881 aa  112  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  27.12 
 
 		 865 aa  109  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.53 
 
 		 747 aa  108  4e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  23.46 
 
 		 784 aa  107  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  23.15 
 
 		 799 aa  107  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  22.39 
 
 		 794 aa  106  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  19.97 
 
 		 788 aa  104  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  19.71 
 
 		 797 aa  103  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  22.77 
 
 		 795 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  22.08 
 
 		 830 aa  101  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  22.49 
 
 		 727 aa  100  9e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  18.5 
 
 		 752 aa  100  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  20.88 
 
 		 805 aa  100  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  20.88 
 
 		 805 aa  100  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  22.09 
 
 		 771 aa  99.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  27.3 
 
 		 860 aa  99  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  22.76 
 
 		 770 aa  98.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  22.42 
 
 		 787 aa  98.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  20.64 
 
 		 806 aa  98.2  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  24.22 
 
 		 831 aa  96.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  20.64 
 
 		 805 aa  96.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  22.44 
 
 		 768 aa  95.9  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  20.93 
 
 		 787 aa  95.1  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  21.65 
 
 		 772 aa  94.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  21.51 
 
 		 796 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  33.33 
 
 		 859 aa  92.8  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  24.46 
 
 		 813 aa  93.2  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  19.5 
 
 		 778 aa  92.4  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  22.15 
 
 		 799 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  20.46 
 
 		 799 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  21.21 
 
 		 1204 aa  91.7  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  20.16 
 
 		 799 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  22.68 
 
 		 768 aa  90.9  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  21.94 
 
 		 799 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  22.61 
 
 		 790 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  20.47 
 
 		 785 aa  90.5  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.13 
 
 		 746 aa  90.1  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.76 
 
 		 756 aa  89.7  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  20.68 
 
 		 796 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  22.54 
 
 		 769 aa  88.2  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  21.65 
 
 		 826 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  20.66 
 
 		 821 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>