More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1306 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  67.68 
 
 
593 aa  824    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  64.02 
 
 
590 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  67.17 
 
 
597 aa  818    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  63.85 
 
 
590 aa  767    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  67 
 
 
598 aa  812    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  66.78 
 
 
601 aa  817    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  63.85 
 
 
589 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  64.11 
 
 
592 aa  788    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  65.07 
 
 
602 aa  811    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  63.19 
 
 
594 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  63.34 
 
 
589 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  64.19 
 
 
591 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  66.83 
 
 
606 aa  806    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  67.05 
 
 
607 aa  805    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  63.18 
 
 
589 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  65.89 
 
 
595 aa  801    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
591 aa  753    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  64.92 
 
 
603 aa  795    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  66.12 
 
 
604 aa  813    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  66.56 
 
 
607 aa  800    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
589 aa  754    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  66.89 
 
 
607 aa  807    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  64.02 
 
 
589 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 
596 aa  1219    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  71.24 
 
 
595 aa  874    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  66.39 
 
 
602 aa  819    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  63.8 
 
 
591 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  72.59 
 
 
599 aa  896    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1454  oxaloacetate decarboxylase  64.39 
 
 
690 aa  779    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.583175  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  67.67 
 
 
596 aa  804    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  63.29 
 
 
599 aa  778    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  66.01 
 
 
611 aa  795    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  65.35 
 
 
611 aa  787    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  67.34 
 
 
592 aa  821    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2799  oxaloacetate decarboxylase  64 
 
 
690 aa  779    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.29172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  74.79 
 
 
592 aa  892    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  64.02 
 
 
590 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  66.72 
 
 
594 aa  813    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  65.19 
 
 
611 aa  781    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  64.02 
 
 
588 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  63.37 
 
 
605 aa  786    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 
589 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  67.11 
 
 
594 aa  815    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  64.4 
 
 
604 aa  790    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  67.22 
 
 
608 aa  807    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  65.73 
 
 
599 aa  798    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  65.28 
 
 
604 aa  786    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
602 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
607 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
602 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  51.78 
 
 
568 aa  598  1e-170  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
602 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
607 aa  600  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  51.1 
 
 
567 aa  595  1e-169  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  51.47 
 
 
602 aa  598  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  51.3 
 
 
602 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  51.38 
 
 
602 aa  596  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  50.66 
 
 
599 aa  596  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  51.69 
 
 
569 aa  592  1e-168  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  49.6 
 
 
609 aa  594  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  50.57 
 
 
615 aa  589  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1740  hypothetical protein  51.09 
 
 
596 aa  588  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.407057 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  49.52 
 
 
617 aa  589  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  51.78 
 
 
569 aa  590  1e-167  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  51.1 
 
 
569 aa  591  1e-167  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  50.33 
 
 
602 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  52.11 
 
 
602 aa  586  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  50 
 
 
602 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  49.59 
 
 
608 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  51.07 
 
 
604 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  48.14 
 
 
573 aa  552  1e-156  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  47.85 
 
 
596 aa  546  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  48.31 
 
 
571 aa  547  1e-154  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  47.68 
 
 
596 aa  545  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  56.42 
 
 
465 aa  543  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  50.08 
 
 
567 aa  544  1e-153  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  48.14 
 
 
582 aa  535  1e-151  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  57.21 
 
 
510 aa  538  1e-151  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  56.54 
 
 
465 aa  530  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  46.64 
 
 
582 aa  525  1e-148  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  43.13 
 
 
616 aa  523  1e-147  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  43.04 
 
 
634 aa  524  1e-147  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  46.55 
 
 
577 aa  523  1e-147  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  47.39 
 
 
579 aa  523  1e-147  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  43.12 
 
 
633 aa  521  1e-146  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  44.46 
 
 
584 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  43.91 
 
 
587 aa  513  1e-144  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3026  oxaloacetate decarboxylase  51.79 
 
 
520 aa  513  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.444345 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  43.53 
 
 
582 aa  509  1e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  47.15 
 
 
577 aa  509  1e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  50.6 
 
 
499 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  50.6 
 
 
499 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  51.12 
 
 
475 aa  505  1e-141  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  44.14 
 
 
614 aa  503  1e-141  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0334  oxaloacetate decarboxylase  50.88 
 
 
501 aa  503  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.849727  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0316  oxaloacetate decarboxylase  50.88 
 
 
501 aa  500  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  45.44 
 
 
618 aa  495  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0558  pyruvate carboxylase subunit B  43.68 
 
 
636 aa  494  9.999999999999999e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0745803  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  52.78 
 
 
463 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0461  hypothetical protein  42.99 
 
 
661 aa  492  9.999999999999999e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00676863  normal  0.0747191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>