More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1237 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 429 aa  889    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.87 
 
 		 449 aa  257  3e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  40.44 
 
 		 445 aa  256  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.87 
 
 		 449 aa  256  6e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.04 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.65 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.13 
 
 		 462 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39 
 
 		 432 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 		 432 aa  247  4e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 		 432 aa  246  4e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 		 432 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 		 432 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.28 
 
 		 442 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 		 432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  38.76 
 
 		 432 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.56 
 
 		 442 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.47 
 
 		 460 aa  241  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.23 
 
 		 431 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.9 
 
 		 436 aa  240  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.85 
 
 		 426 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.52 
 
 		 432 aa  239  8e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 		 430 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 		 451 aa  238  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 		 460 aa  238  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.56 
 
 		 430 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 		 430 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 		 430 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.84 
 
 		 439 aa  236  6e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  37.62 
 
 		 431 aa  236  6e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  38.92 
 
 		 431 aa  236  6e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  34.36 
 
 		 448 aa  236  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  40 
 
 		 455 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  35.01 
 
 		 427 aa  231  2e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.67 
 
 		 474 aa  229  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  36.05 
 
 		 443 aa  229  9e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 476 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.9 
 
 		 491 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.23 
 
 		 445 aa  224  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.9 
 
 		 496 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 491 aa  223  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.6 
 
 		 440 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 		 460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.26 
 
 		 435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 		 469 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.82 
 
 		 425 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  38.43 
 
 		 439 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  38.99 
 
 		 442 aa  216  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.27 
 
 		 425 aa  216  8e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.84 
 
 		 448 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.87 
 
 		 419 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.58 
 
 		 426 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 		 465 aa  206  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  33.05 
 
 		 497 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.27 
 
 		 440 aa  205  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.07 
 
 		 436 aa  205  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.66 
 
 		 486 aa  204  2e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.41 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.8 
 
 		 465 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.4 
 
 		 465 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 		 488 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.1 
 
 		 476 aa  199  7.999999999999999e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.99 
 
 		 442 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.25 
 
 		 430 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.95 
 
 		 494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.54 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.63 
 
 		 465 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.4 
 
 		 439 aa  196  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  36.41 
 
 		 434 aa  196  7e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  33.87 
 
 		 464 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  31.45 
 
 		 476 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.64 
 
 		 470 aa  193  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  36.46 
 
 		 435 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 		 445 aa  189  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.07 
 
 		 464 aa  188  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.16 
 
 		 464 aa  183  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.16 
 
 		 464 aa  183  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 		 440 aa  179  7e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.48 
 
 		 487 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  30.37 
 
 		 441 aa  176  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  33.26 
 
 		 484 aa  176  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  31.76 
 
 		 472 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.27 
 
 		 492 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  40.27 
 
 		 492 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  40.27 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.27 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  34.49 
 
 		 445 aa  172  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.59 
 
 		 494 aa  172  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.27 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.27 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.93 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.04 
 
 		 473 aa  169  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.82 
 
 		 468 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 		 472 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 		 473 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  33.72 
 
 		 462 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 		 472 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  29.62 
 
 		 420 aa  160  6e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.28 
 
 		 473 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>